结论：公司与职务侵占的员工签订还款协议后，仍然可以报案。签订还款协议并不影响公司向公安机关报案追究员工职务侵占的法律责任，两者并不冲突。
法律背景与解释：
职务侵占的法律性质：
- 职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。这是一种刑事犯罪，依法应受到刑事处罚。
还款协议的法律效力：
- 还款协议是公司与员工之间就职务侵占款项的返还达成的民事协议。它主要调整的是双方之间的民事权利义务关系，即员工应返还侵占的款项，公司则可能放弃部分或全部民事赔偿请求。
报案与还款协议的关系：
- 签订还款协议并不意味着公司放弃了追究员工刑事责任的权利。刑事责任与民事责任是两种不同的法律责任，它们之间并不相互排斥。公司可以在与员工签订还款协议的同时，向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
- 公安机关在受理报案后，会依法进行调查取证，并根据调查结果决定是否立案侦查。如果证据充分，公安机关会依法对员工采取刑事强制措施，并移送检察机关审查起诉。
法律建议：
及时报案：
- 如果公司发现员工有职务侵占的行为，应及时向公安机关报案，以便尽快启动刑事侦查程序，追回损失并维护公司的合法权益。
保留证据：
- 在报案前，公司应尽可能收集并保留与职务侵占行为相关的证据，如财务记录、交易凭证、员工陈述等。这些证据将有助于公安机关的调查取证工作。
谨慎签订还款协议：
- 如果公司决定与员工签订还款协议，应谨慎考虑协议条款，确保协议内容合法、有效且能够切实保障公司的权益。同时，公司可以在协议中明确约定，如果员工未按照协议约定返还款项，公司有权继续追究其刑事责任。
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，公司应咨询专业律师的意见，以确保公司的决策合法、合规且能够有效维护公司的权益。
可能法律后果：
- 如果员工被认定构成职务侵占罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役、罚金等。
- 同时，员工还需按照还款协议的约定返还侵占的款项。如果员工未按照协议约定返还，公司可以通过民事诉讼等途径追讨欠款。
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