吃回扣后用于公司经营仍然是违法的。以下从几个方面为你详细分析：

一、法律定性

吃回扣，本质上属于商业贿赂行为，这违反了《中华人民共和国反不正当竞争法》以及《中华人民共和国刑法》中关于贿赂犯罪的相关规定。即使这些回扣最终被用于公司经营，也并不能改变其违法性的本质。因为贿赂行为本身已经破坏了市场的公平竞争环境，损害了其他经营者的合法权益，同时也可能损害国家利益和社会公共利益。

二、法律后果

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国反不正当竞争法》的规定，经营者采用财物或者其他手段进行贿赂以销售或者购买商品，构成犯罪的，依法追究刑事责任；不构成犯罪的，监督检查部门可以根据情节处以罚款，没收违法所得，甚至吊销营业执照等行政处罚。

2. 刑事责任：

   • 如果吃回扣的行为情节严重，可能构成行贿罪或受贿罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，行贿罪和受贿罪都可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。即使回扣被用于公司经营，也不能成为免除刑事责任的理由。

三、实际案例与风险

在实际操作中，吃回扣的行为往往伴随着一系列的风险。例如，一旦被发现，公司可能面临声誉受损、客户流失、业务受阻等严重后果。同时，相关责任人员也可能面临法律追究，包括行政处罚和刑事处罚。此外，即使回扣被用于公司经营，也可能因为来源不合法而面临被追缴的风险，进一步加剧公司的财务困境。

四、合规建议

为了避免法律风险，公司应该建立完善的合规制度，明确禁止任何形式的贿赂行为。同时，公司应该加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。如果公司确实需要与供应商或客户进行商业往来，应该通过合法、合规的方式进行，确保交易的透明度和公正性。

总结来说，吃回扣后用于公司经营仍然是违法的，不仅可能面临行政处罚和刑事责任，还可能给公司带来严重的声誉和财务损失。因此，我建议你坚决避免任何形式的贿赂行为，确保公司的合法合规经营。如果你有任何关于公司法务方面的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。