关于串通投标未付工程款的损失、违法所得计算及追诉时效起止点问题，分情况说明如下：
一、损失的计算
直接损失
包括已投入的工程成本（如材料费、人工费、设备租赁费等）、因未付款导致的资金占用利息（按同期银行贷款利率或LPR计算）、以及因违约产生的合理费用（如诉讼费、律师费等）。需提供合同、付款凭证、成本支出单据等证据。
间接损失
若因未付款导致工程停工、延误工期，可主张预期利润损失（需证明合同正常履行可获得的利润，如通过行业平均利润率或过往类似项目利润推算）。但需注意，间接损失的赔偿范围以“可预见性”为限，需结合具体案情举证。
二、违法所得的计算
串通投标方的违法所得
通常指通过串通行为获得的非法利益，包括：
- 高于正常报价的工程款差额（即通过操纵投标抬高价格获取的额外收益）；
- 收取的“好处费”“回扣”等非法收入；
- 节省的合规成本（如未按规定缴纳的投标保证金、税费等）。
计算依据：需结合合同价款与市场价对比、资金往来记录、证人证言等证据。
未付工程款与违法所得的关系
若未付工程款本身是串通投标的结果（如工程款因违法中标被扣减），则违法所得可能包含未付部分中非法获取的差额；若未付款与串通行为无关（如发包方资金链断裂），则需区分处理，违法所得仅计算串通行为直接导致的非法收益。
三、追诉时效的起止点
刑事追诉时效
- 起算点：自犯罪行为终了之日起计算。串通投标罪是行为犯，通常以投标结束或中标结果公布之日为终了日；若涉及后续违法所得（如回扣），则以最后一次收取非法利益之日为终了日。
- 时效期限：根据《刑法》第87条，串通投标罪最高刑为3年以下有期徒刑或拘役，追诉时效为5年。
- 中断情形：若在追诉期内又犯新罪，或司法机关已立案侦查，时效中断并重新计算。
民事赔偿诉讼时效
- 起算点：自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。未付工程款的诉讼时效通常为3年，自应付款之日（如合同约定付款期限届满日）起算；若合同未约定，则自工程交付或结算之日起算。
- 中断情形：通过发函催告、提起诉讼等方式主张权利，时效中断并重新计算。
四、实务建议
- 证据固定：尽快收集合同、投标文件、付款记录、沟通记录等证据，证明串通行为与损失、违法所得的关联性。
- 时效管理：若涉及刑事追责，及时向公安机关报案；若主张民事赔偿，注意在诉讼时效内起诉，避免丧失胜诉权。
- 综合策略：可同时通过刑事报案（追究串通投标罪）和民事诉讼（主张工程款及损失赔偿）维护权益，两者互不冲突。
如有进一步细节需分析（如具体合同条款、资金流向等），可直接向我咨询，我会结合案情提供更精准的建议。