结论：在单位调查结束后确认您没有问题的情况下，通常是可以申请补晋级和补涨工资的，但具体能否实现以及实现的方式，需要结合单位规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：

从单位规章制度角度

1. 有明确规定可补的情况：如果单位的规章制度中明确规定，员工在因被调查而暂停晋级涨工资，调查结束后确认无问题的，单位应当为其补晋级和补涨工资，那么您就有明确的依据要求单位履行这一义务。例如，单位规章制度里写明“员工在调查期间暂停相关待遇，若调查结果证明员工无违规行为，将在下一个晋级周期或按照相应标准补发工资差额”，这种情况下您可以直接依据该规定与单位沟通补晋级和补涨工资事宜。
2. 规定不明确的情况：若单位规章制度对此没有明确规定，那么就需要进一步参考其他因素。此时，您可以先与单位的人力资源部门或相关负责人进行友好协商，说明调查已确认您无问题，从公平合理的角度出发，争取补晋级和补涨工资。单位可能会基于维护员工积极性、避免劳动纠纷等因素考虑您的请求。

从劳动合同角度

1. 合同有相关约定：如果您的劳动合同中有关于晋级涨工资的条件和程序的约定，并且明确在特定情况下（如被调查无问题后）的处理方式，那么单位应当按照合同约定执行。比如合同约定“员工在符合晋级条件时，因单位调查暂停晋级，调查无问题后应在[具体时间]内完成补晋级并补发相应工资”，单位若不履行，就构成违约，您可以依据合同主张自己的权益。
2. 合同无相关约定：当劳动合同没有对此进行约定时，虽然不能直接依据合同要求单位补晋级和补涨工资，但您可以结合单位的实际情况以及公平原则等与单位协商。同时，您也可以参考同行业、同岗位的普遍做法，向单位说明合理的诉求。

从相关法律法规角度

1. 同工同酬原则：根据《劳动法》第四十六条规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。如果您因为被调查而未能晋级涨工资，而其他与您工作表现、工作能力等相当的同事正常晋级涨工资，在调查确认您没有问题后，单位不为您补晋级和补涨工资，可能违反同工同酬原则。您可以以此为依据与单位沟通，要求单位给予公平的待遇。
2. 单位的义务：单位有义务保障员工的合法权益，在调查确认员工无问题后，应当恢复员工原本应享有的待遇。如果单位无正当理由拒绝补晋级和补涨工资，您可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的权益。在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据，如调查结果证明、工资记录、单位规章制度等，以证明自己的主张。

建议：您可以先收集相关证据，如调查结果通知、工资条、劳动合同、单位规章制度等，然后与单位进行友好协商。如果协商不成，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何疑问，都可以直接向我咨询。