针对您提出的“企业拒不提交备用金保函怎么处理”的问题，这主要涉及到《对外劳务合作风险处置备用金管理办法(试行)》以及《对外劳务合作管理条例》的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确备用金保函的重要性。根据《对外劳务合作风险处置备用金管理办法(试行)》的规定，备用金是用于保障外派劳务人员合法权益的专用资金，企业可以选择以现金或等额银行保函的形式缴存。备用金保函作为企业缴存备用金的一种方式，其有效性直接关系到备用金制度的执行和外派劳务人员的权益保障。
当企业拒不提交备用金保函时，商务主管部门应按照以下步骤进行处理：
责令改正： 商务主管部门在发现企业未按规定缴存或补足备用金（包括未提交保函）时，应首先责令企业在规定期限内改正，即要求企业提交有效的备用金保函或以其他方式补足备用金。
调查取证： 如果企业拒不改正，商务主管部门应展开调查和取证工作，收集相关证据以证明企业的违法行为。这一过程中，应确保调查程序的合法性和证据的充分性。
作出行政处罚决定： 根据《对外劳务合作管理条例》第四十一条的规定，对于拒不改正的企业，商务主管部门有权吊销其对外劳务合作经营资格证书。在作出处罚决定前，应告知企业作出处罚决定的事实、理由、依据及其所享有的权利，并允许企业进行陈述和辩解。对于重大处罚决定，还应告知企业享有听证权。
送达与执行： 商务主管部门应将《行政处罚决定书》送达企业，并监督企业执行处罚决定。如果企业拒不履行处罚决定，商务主管部门可以向人民法院申请强制执行。
后续监管与追责： 商务主管部门还应加强对企业的后续监管，确保企业不再出现类似违法行为。同时，对于商务主管部门和其他有关部门的工作人员在监督管理工作中的违法行为，也应依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
综上所述，当企业拒不提交备用金保函时，商务主管部门应依法责令其改正，并在企业拒不改正的情况下作出行政处罚决定，包括吊销其对外劳务合作经营资格证书。这一过程中，商务主管部门应确保程序的合法性和证据的充分性，以维护外派劳务人员的合法权益和市场秩序。