核心结论：在土地确权过程中，若一人持有土地使用证，另一人持有土地承包合同，确权需根据土地性质、权属来源及相关法律规定综合判断，具体分以下两种情况处理：

1. 若土地为国有土地

• 土地使用证效力优先：根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。土地使用证是国有土地使用权的法定权属凭证，持证人通常被认定为合法使用权人。
• 承包合同效力受限：若土地性质为国有，承包合同可能因主体不适格（如承包方非集体经济组织成员）或内容违法（如承包国有土地用于农业种植）而无效，此时确权应以土地使用证为准。
• 例外情形：若承包合同系基于历史遗留问题（如早期国企职工承包国有农场土地）或行政许可（如临时用地承包），需结合具体政策及合同履行情况综合判断权属。

2. 若土地为集体所有土地

• 承包合同效力优先：根据《农村土地承包法》第23条，承包合同自成立之日起生效，承包方自合同生效时取得土地承包经营权。若土地为集体所有，承包合同是确认承包经营权的核心依据。
• 土地使用证可能无效：若土地使用证系通过违规操作（如将集体土地登记为国有）取得，或与承包合同范围重叠，该证书可能因违反《土地管理法》第15条（集体土地使用权不得出让、转让）而被撤销或确认无效。
• 确权原则：需以承包合同为基础，结合土地实际用途（如农业用地、建设用地）、承包期限及集体经济组织成员资格等因素综合确权。若双方对权属有争议，可申请乡（镇）政府或县级政府调解，或直接向法院提起民事诉讼。

操作建议

1. 核查土地性质：通过当地自然资源部门查询土地权属登记信息，明确土地为国有或集体所有。
2. 审查证件合法性：确认土地使用证的登记时间、权属来源是否合法，承包合同的签订主体、程序是否符合法律规定。
3. 协商或调解：若双方对权属无争议，可协商签订权属确认协议；若有争议，可申请基层政府调解或通过诉讼解决。
4. 申请确权登记：根据最终权属认定结果，向不动产登记机构申请变更或初始登记，领取新的权属证书。

提示：土地确权涉及复杂的历史遗留问题和地方政策，建议根据具体案情准备土地权属证明、合同文本、缴费凭证等材料，必要时委托律师协助处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询。