结论：辞职时工资的发放，正常工作期间的工资应确保按时足额支付，该工资为实发工资；而涉及经济补偿金等赔偿计算时，通常应以应发工资为基数。以下是对这一结论的详细解释：

正常工作期间的工资支付

• 法律依据：根据《劳动合同法》及相关法律法规，员工辞职时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在辞职前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，即实发工资。这是为了确保劳动关系的真正解除，避免后续纠纷。
• 实际操作：用人单位应确保在员工辞职时，及时、足额地支付其实发工资，包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后的实际到手工资。

经济补偿金的计算基础

• 法律依据：若因公司原因违法辞退员工（此处虽为辞退，但经济补偿金计算原理同样适用于辞职时若涉及经济补偿的情况），员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。关于经济补偿金中月工资的计算基础，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
• 计算方式：经济补偿金的月工资计算基数应为应发工资，即未扣除社保、公积金个人部分及个人所得税前的工资总额。这是因为应发工资更能全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平。如果以实发工资作为计算基数，会因扣除项目导致金额低于劳动者实际劳动所得，对劳动者权益造成损害。
• 特殊情况：劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。

实际操作建议

• 明确约定：为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式，包括计算基数、计算年限等。
• 及时支付：用人单位在员工辞职时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
• 维权途径：如果单位未按时足额支付工资或经济补偿金，员工有权向劳动监察大队投诉维权，或者通过劳动仲裁、诉讼等法律途径解决纠纷。

举例说明：假设员工小李的月应发工资为10000元，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后实发工资为8000元。若小李因公司原因辞职，并符合获得经济补偿金的条件，那么经济补偿金的计算基数应为10000元，而不是8000元。如果小李在公司工作了3年，那么公司应支付给小李的经济补偿金为3个月工资，即30000元。

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