辞职时的工资补偿是按照应发工资来计算，而非实发工资。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与解析
主要法规：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，劳动合同法第四十七条所述的经济补偿月工资应按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
- 《中华人民共和国劳动合同法》也明确指出，经济补偿金的计算是基于劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，此处的“平均工资”指的是应发工资。
应发工资与实发工资的区别：
- 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。
- 实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。
二、为何采用应发工资计算
- 全面反映收入：应发工资能更全面、真实地反映劳动者的收入状况，因为它包含了所有货币性收入，而实发工资由于扣除了多项费用，不能准确体现劳动者的完整收入情况。
- 保障劳动者权益：以应发工资为计算基础，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
三、具体计算示例
假设员工小李每月基本工资6000元，加上奖金800元和各项补贴500元，那么他的应发工资为7300元。若当月扣除个人所得税200元、社保个人缴纳部分400元、住房公积金个人缴纳部分600元，其实发工资为6100元。在辞职计算经济补偿时，应以7300元（应发工资）为准，而非6100元（实发工资）。
四、特殊情况下的处理
- 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
- 如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
五、法律建议
- 了解自身权益：劳动者在辞职时，应了解自己的应发工资和实发工资的区别，以及经济补偿金的计算方式，确保自己的权益不受侵害。
- 保留相关证据：劳动者应保留好与工资相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明自己的收入情况。
- 及时咨询：如果劳动者对经济补偿金的计算有疑问或遇到争议，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，辞职时的工资补偿是按照应发工资来计算的，这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。