劳动合同约定加班费按基本工资来计算，其有效性需结合具体情况及法律法规综合判断。以下是从不同角度的详细分析：
有效情形
折算后正常工作时间工资不低于当地最低工资标准：
- 如果劳动合同中约定的基本工资，在剔除加班费用后，其正常工作时间的工资仍不低于当地法定的最低工资标准，那么这种约定在保障劳动者基本生活需要的前提下，是有可能被认定为有效的。但这种情况较为少见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
劳动者充分知晓并自愿同意：
- 用人单位在签订劳动合同时，需就“加班费按基本工资计算”的条款向劳动者进行清晰、明确的解释，确保劳动者充分了解该约定的内容和法律后果，并在自愿、无胁迫的情况下签字同意。这种情况下，该约定可能被视为有效，但同样需要满足其他法定条件。
无效情形
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条以及《工资支付暂行规定》，加班费的计算基数应当包括劳动者正常劳动应得的全部工资，如基本工资、绩效工资、津贴等。如果劳动合同仅约定加班费按基本工资计算，且该基本工资远低于劳动者实际应得的工资水平，从而逃避支付或不足额支付加班工资的法定义务，该约定将因违反法律法规的强制性规定而无效。
导致劳动者权益受损：
- 如因该约定导致劳动者未获得应有的加班费，或其工作时间过长严重影响健康，损害了劳动者的合法权益，该约定同样可能被认定为无效。劳动者有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。
实际操作建议
对于劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算的部分。如认为约定不合理或存在疑问，应及时向用人单位提出并寻求解释。
- 如发现用人单位计算加班费方式不合法，有权要求用人单位按照法律规定调整并补发加班费。协商不成的情况下，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守劳动法律法规，确保劳动合同内容的合法性和公正性。在约定加班费计算基数时，应充分考虑劳动者的实际工资构成和合法权益，避免采用可能损害劳动者利益的约定方式。
- 如需采用特殊计算方式，应事先与劳动者进行充分沟通并取得其同意，同时确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
示例说明：
假设某劳动者的月工资由基本工资2000元、绩效工资1000元和津贴500元组成，共计3500元。如果劳动合同约定加班费仅按基本工资2000元计算，那么这种约定在大多数情况下将被视为无效，因为它未考虑劳动者的实际工资构成和合法权益。正确的做法应该是按照劳动者的实际工资3500元作为计算基数来计算加班费。
总结：劳动合同约定加班费按基本工资来计算的有效性并非绝对，而是需要结合具体情况及法律法规进行综合判断。劳动者和用人单位都应充分了解相关法律法规和约定方式，以确保双方的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。