食用农产品销售者未查验农产品合格证明文件是不合法的。以下从法律背景、法律后果以及实际操作建议三个角度进行详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国农产品质量安全法》的相关规定，农产品销售者有义务查验农产品的合格证明文件。这是为了确保销售的农产品符合质量安全标准，保障消费者的健康和安全。具体来说，销售者应当建立进货查验记录制度，如实记录农产品的名称、数量、进货日期以及供货者名称、地址、联系方式等内容，并保存相关凭证。这些记录和凭证应当真实，保存期限不得少于六个月。
法律后果
如果食用农产品销售者未查验农产品合格证明文件，可能会面临以下法律后果：
行政处罚：根据《中华人民共和国农产品质量安全法》的规定，农产品销售者未按照规定查验农产品合格证明文件的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门责令改正，并可以处以罚款。罚款的数额根据违法行为的情节轻重而定，可能涉及数千至数万元不等。
民事责任：如果因销售者未查验农产品合格证明文件而导致消费者受到损害的，销售者还可能承担民事赔偿责任。例如，如果消费者因食用不合格农产品而生病或受伤，销售者可能需要赔偿医疗费用、误工费等损失。
刑事责任：在极端情况下，如果销售者明知农产品不合格仍进行销售，并造成严重后果的（如多人中毒或死亡），销售者还可能构成犯罪，面临刑事处罚。
实际操作建议
为了避免上述法律后果，食用农产品销售者应当采取以下措施：
建立进货查验制度：制定明确的进货查验流程和标准，确保每批进货的农产品都有合格证明文件。
保存相关凭证：妥善保存农产品的进货记录、合格证明文件等凭证，以备查验和追溯。
加强培训和教育：对销售人员进行农产品质量安全方面的培训和教育，提高他们的法律意识和质量意识。
定期自查和整改：定期对销售的农产品进行自查，发现问题及时整改，确保销售的农产品符合质量安全标准。
综上所述，食用农产品销售者未查验农产品合格证明文件是不合法的，并可能面临行政处罚、民事责任甚至刑事责任。因此，销售者应当严格遵守相关法律法规，确保销售的农产品质量安全。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。