买卖无证厂房时开具发票不合法，且该交易行为本身存在重大法律风险。以下从发票开具和厂房交易两个角度展开分析：

一、发票开具的合法性分析

1. 无证厂房交易本身违法
   根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭需依法登记才发生效力。无证厂房属于未取得合法产权证明的建筑，其买卖合同可能因违反法律强制性规定（如《城乡规划法》第64条）被认定为无效或部分无效。在此情况下，交易行为缺乏合法基础，开具发票将构成对非法交易的“合法化”包装，存在税务和法律双重风险。

2. 发票开具的法定要求
   根据《发票管理办法》第19条，销售商品或提供服务时，收款方应向付款方开具发票，但前提是交易内容必须合法。若交易标的（无证厂房）本身违法，开具发票可能被认定为“虚开发票”或“为非法交易提供便利”，面临税务机关处罚（《税收征收管理法》第63条），甚至涉嫌刑事犯罪（如虚开发票罪）。

二、无证厂房交易的法律风险延伸

1. 合同效力风险
   无证厂房买卖合同可能因违反《民法典》第153条（违背公序良俗）或第154条（恶意串通损害他人利益）被认定无效，导致买方无法主张物权，卖方可能需返还购房款并承担缔约过失责任。

2. 行政处罚风险
   根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证的建筑可能被责令限期拆除或罚款。若厂房被强制拆除，买方将面临重大财产损失，且无法通过合法途径主张赔偿。

3. 刑事犯罪风险
   若卖方明知厂房无证仍故意出售，可能涉嫌诈骗罪（《刑法》第266条）；若买方参与伪造产权证明或协助逃税，可能构成共犯或单独犯罪。

三、实务建议

1. 立即终止交易：若已签订合同或支付款项，建议通过协商解除合同并追回资金，避免损失扩大。
2. 核查产权证明：购买厂房前，务必要求卖方提供不动产权证书、建设工程规划许可证等合法文件，并到不动产登记中心核实权属。
3. 咨询专业律师：若涉及复杂交易结构或大额资金，建议委托律师对合同条款、产权状况进行全面审查，并制定风险防控方案。

总结：无证厂房交易本身违法，开具发票不仅无法使其合法化，反而可能引发税务和刑事责任。建议严格遵守法律法规，避免参与此类高风险交易。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。