结论：和公司签了劳动合同而工资由另外一家公司发放，并不直接构成违法，但需满足一定条件并遵守相关法律法规、公司规章制度及税务规定。以下从多个角度进行分析：
合法情况
兼职或非全日制用工：
- 劳动者可以与两家公司分别建立合法的劳动关系，例如一家为全职工作，另一家为兼职（非全日制）工作。在这种情况下，两家公司分别支付工资是合法的。
- 例子：小王在A公司全职工作，同时在B公司兼职，B公司按小时支付兼职报酬，这是合法的。
集团公司或关联公司特殊安排：
- 在集团公司或关联公司中，因业务需要或人员调配，员工可能为多个公司提供服务，并由多个公司发放工资。只要这种安排符合公司内部规定和相关法律法规，即为合法。
- 例子：小李根据集团安排同时为C公司和D公司服务，两公司根据工作量分别发放工资。
违法情况
恶意规避法律责任：
- 若两家公司发工资的目的是为了逃避税收、社保缴纳等法律责任，则属于违法行为。
- 例子：E公司通过关联的F公司发放部分工资以降低社保费用，这违反了相关法律法规。
违反竞业限制或保密协议：
- 若劳动者与一家公司签订了竞业限制或保密协议，而在另一家公司的工作违反了这些协议，即使另一家公司发放工资也是违法的。
- 例子：小张离职后到与G公司有竞争关系的H公司工作并领取工资，违反了竞业限制协议。
法律层面分析
- 我国法律并未明确禁止一个员工同时与两个用人单位建立劳动关系并领取工资。《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的，用人单位可以解除劳动合同。这意味着，如果员工同时与两个公司存在劳动关系，但没有影响本职工作，且没有出现经用人单位提出仍拒不改正的情况，那么从法律角度来说，并不直接认定为违法。
实际操作与职业道德建议
员工角度：
- 员工需考虑工作精力分配、职业道德及职业风险。
- 应遵守所在公司的规章制度，避免违规损失。
- 在与两家公司建立劳动关系时，应确保不影响本职工作，并遵守竞业限制和保密协议等规定。
公司角度：
- 公司通过两家公司发工资需确保财务和税务合规，避免偷税漏税。
- 应建立健全的内部管理制度，明确员工在多家公司工作的相关规定和流程。
税务处理建议
- 两家公司发工资均需依法申报个税。对于同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处所得中减除，避免重复扣除。
- 年终需进行汇算清缴，对从两处以上取得的综合所得进行多退少补。若综合所得年收入额减除专项扣除的余额超过6万元，次年需进行个税汇算清缴。
总结：和公司签了劳动合同而工资由另外一家公司发放，并不直接违法，但需确保不影响员工工作表现，遵守相关法律法规、公司规章制度及税务规定。员工应谨慎处理与两家公司的劳动关系，确保自身行为合法合规；同时，公司也应确保财务和税务的合规性，避免任何违法行为带来的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。