若劳动合同丢失，可通过以下方式证明并非挂靠代缴：
收集其他劳动关系证明材料
劳动合同虽是劳动关系的重要证明，但并非唯一依据。可收集以下材料替代证明：
- 工资支付记录：如银行流水（需显示公司账户转账）、工资条（需有公司盖章或负责人签字）；
- 社保缴纳记录：通过社保局官网或线下窗口打印的缴费明细，可显示实际缴费单位与工作单位一致；
- 工作证、工牌、考勤记录：如公司发放的工牌、门禁卡、打卡记录（需有公司系统截图或盖章）；
- 同事证言：同事的书面证言或出庭作证，证明你实际在公司工作；
- 工作邮件、聊天记录：与公司业务相关的邮件、微信/钉钉聊天记录（需显示公司域名或工作群）；
- 公司文件签署记录：如签署的合同、报销单、审批流程等（需有公司盖章或负责人签字）。
证明挂靠代缴的“不合理性”
若被质疑挂靠代缴，可从以下角度反驳：
- 经济成本：挂靠代缴需个人承担全部社保费用（公司+个人部分），若你能提供工资记录显示公司已代扣代缴社保，则挂靠可能性低；
- 工作关联性：若你能证明实际为公司提供劳动（如项目成果、客户沟通记录等），则与挂靠的“无实际工作”特征矛盾；
- 公司配合度：若公司愿意出具书面说明（如《劳动关系证明》），明确你为公司员工，则可直接否定挂靠。
申请劳动仲裁或诉讼时的举证策略
若争议进入法律程序，可按以下步骤举证：
- 优先提交替代证据：如工资流水、社保记录、工作证等，形成完整证据链；
- 申请法院调取证据：如公司拒不配合，可申请法院调取考勤记录、工资发放记录等；
- 反驳对方证据：若对方主张挂靠，需提供代缴协议、付款记录等，你可从真实性、关联性角度质疑（如代缴协议无你签字、付款记录与工资无关等）。
温馨提示：劳动合同丢失后，建议尽快联系公司补签或出具书面证明，避免后续争议。若公司拒绝配合，可向劳动监察部门投诉或直接申请劳动仲裁，维护自身权益。如有具体证据或场景需要分析，可进一步向我说明，我会为你提供针对性建议。