在劳动争议中，员工自行离职的举证责任主体主要取决于离职的具体情形，但总体遵循“谁主张，谁举证”的基本原则，并会结合用人单位与员工在劳动关系中的不同地位及信息掌握情况进行具体分配。以下是对不同情形的详细分析：
员工主动辞职：
- 在这种情况下，员工需对其主动辞职的意思表示承担举证责任。这通常通过书面的辞职信作为最直接证据。如果员工声称辞职是受到胁迫，那么员工还需对胁迫事实进行举证，比如提供相关的聊天记录、邮件往来等证明其受到胁迫的证据。
- 公司方面，虽然不承担主要的举证责任，但也可以通过员工的辞职信、离职申请表等证据来进一步证明员工是自愿离职的，以增强自身主张的可信度。
用人单位主张员工自行离职：
- 如果用人单位主张员工是自行离职，而非被公司解雇或终止劳动关系，那么用人单位需要承担一定的举证责任。这主要是因为用人单位在劳动关系中通常处于管理地位，掌握着更多的信息。用人单位可能需要提供考勤记录、工作交接记录、离职申请表（如果员工填写了）等证据来证明员工是自行离职的。
- 然而，如果员工能够提供相反的证据，如工作期间的邮件、聊天记录等，表明其并未主动离职，而是被公司以某种方式迫使离职，那么举证责任可能会部分转移至用人单位，用人单位需要进一步证明其行为的合法性。
实际操作建议：
- 保留证据：无论是员工还是公司，在离职过程中都应尽量保留好所有相关证据。这包括但不限于劳动合同、工资单、银行流水、邮件往来、聊天记录、辞职信、离职申请表等。这些证据在后续的劳动争议中可能起到关键作用。
- 及时沟通：在离职过程中，双方应保持及时、有效的沟通。这有助于减少误解和纠纷，并在必要时为举证提供便利。例如，如果员工确实打算自行离职，最好以书面形式向公司提交辞职信，并明确离职日期和原因。
- 了解法律法规：双方都应了解相关的法律法规，特别是关于离职和举证责任的规定。这有助于双方在离职过程中更好地维护自己的权益，并在发生争议时做出正确的决策。
法律后果：
- 如果员工或公司无法提供充分的证据来支持自己的主张，可能会面临不利的法律后果。例如，如果员工无法证明其是受到胁迫而辞职，那么其可能无法获得相应的经济补偿或赔偿；如果公司无法证明员工是自行离职，那么其可能需要支付违法解除劳动关系的赔偿金。
总之，在处理员工自行离职的举证责任问题时，双方都应谨慎对待，尽量保留好相关证据，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。