结论：公司恶意扣员工工资，员工申请仲裁要求额外赔偿是有可能赢的，但具体能否成功以及赔偿的数额，需结合实际情况和证据来判断。

分析说明：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”如果公司恶意扣工资，就违反了这一法律规定。
   • 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条也规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同，并有权要求用人单位支付经济补偿。

2. 仲裁要求额外赔偿的可能性：

   • 如果员工能提供充分证据证明公司恶意扣工资，如工资条、银行转账记录、公司扣款通知等，那么在劳动仲裁中，员工要求公司支付被扣的工资以及可能的额外赔偿（如经济补偿金）是有法律依据的。
   • 额外赔偿的具体数额，通常取决于员工因公司扣款所遭受的实际损失，以及公司的过错程度。在极端情况下，如果公司的行为构成恶意拖欠或克扣工资，且给员工造成了较大损失，员工甚至可能要求公司支付惩罚性赔偿（但这一要求在实践中的支持程度可能因地区和具体案情而异）。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 证据收集：员工应尽可能收集并保存所有与公司扣款相关的证据，这是仲裁成功的关键。
   • 仲裁申请：员工应向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据。仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
   • 法律程序：员工应了解并遵循劳动仲裁的法律程序，包括申请、受理、开庭、裁决等步骤。如有需要，可以寻求专业律师的帮助。

4. 可能的结果：

   • 如果仲裁委员会认定公司确实存在恶意扣工资的行为，那么员工有望获得被扣的工资以及可能的额外赔偿。
   • 如果仲裁委员会认为公司的扣款行为有合理依据或员工提供的证据不足，那么员工可能无法获得额外赔偿，甚至可能无法追回被扣的工资（但这种情况相对较少）。

行动建议：

• 如果你正面临公司恶意扣工资的情况，我建议你首先与公司进行沟通，尝试通过协商解决问题。
• 如果协商无果，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据。
• 在整个过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。