工伤认定申请并不需要等到治疗结束，而是在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起就可以提出。以下从不同角度为你详细分析：

申请工伤认定的时间规定

根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。如果用人单位未能在规定时间内提出申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

举例说明：假设某工厂工人小李在工作时不慎被机器砸伤手指，工厂应在小李受伤之日起30日内为其申请工伤认定。如果工厂未及时申请，小李或其近亲属可以在受伤之日起1年内自行申请。

治疗期间包含在申请期限内

申请工伤认定的期限是从事故伤害发生之日或被诊断为职业病之日起开始连续计算的，这一期限包含了职工的治疗期间。即无论职工是否在治疗中，申请期限都在持续进行，不会因治疗而暂停。

举例说明：小张在工作中因意外导致腿部骨折，需要长时间的治疗和康复。但从小张受伤之日起，工伤认定的申请期限就已经开始计算，不会因为小张还在治疗而停止计算。

特殊情况下的处理

在某些情况下，即使治疗尚未结束，也可以先申请工伤认定。比如，当伤情相对稳定，能够初步判断符合工伤情形时，就可以着手准备申请材料。

举例说明：某建筑工人从高处坠落导致腿部骨折，经过一段时间的紧急治疗后，虽然还需要后续康复，但此时已经可以明确该事故是在工作时间和工作场所内因工作原因导致的，那么就可以及时申请工伤认定，不必等到完全康复后再申请。

申请工伤认定时需要准备的材料

在治疗期间，职工应积极进行治疗，并妥善保留所有相关的医疗记录、费用票据等。这些材料将作为日后申请工伤认定的重要证据，有助于证明工伤事实及治疗过程。一般来说，申请工伤认定需要准备以下材料：

1. 工伤认定申请表；
2. 与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；
3. 医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。

法律后果

如果用人单位未能在规定的30日内提出工伤认定申请，那么在此期间发生的符合工伤条例规定的工伤待遇等有关费用，将由该用人单位承担。这一点强调了用人单位及时申请工伤认定的重要性，也保障了工伤职工的合法权益。

总结与建议：

对于职工而言，在工作过程中一旦发生伤害事故或被诊断为职业病，应尽快了解并关注工伤认定的相关流程和规定。同时，在治疗期间也要积极准备相关证据材料，以确保在规定的期限内能够顺利提出工伤认定申请，从而有效维护自己的合法权益。如果因特殊原因未能及时申请，也应及时向相关部门说明情况，寻求合理的解决途径。如果你还有其他关于工伤认定或赔偿的问题，可以直接向我咨询。