针对您提出的“公司员工偷盗超市食品，超市罚款公司大额金额是否合法”的问题，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，超市对员工进行罚款是不合法的行为。罚款是行政处罚的一种形式，根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，罚款权只能由国家行政管理机关或法律授权的机构在法定职权范围内依照法定程序实施。超市作为企业，并不具备行政处罚权，因此无权对员工进行罚款，无论员工是否存在偷盗等违规行为。

进一步来说，即使超市的规章制度中包含了罚款条款，这些条款也是违法的、无效的。因为用人单位有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须遵守法律法规的强制性规定，不能包含罚款等行政处罚内容。员工有权拒绝遵守违法的规章制度。

那么，面对员工偷盗等违规行为，超市应该如何处理呢？超市可以采取合法的内部管理措施进行处理，如警告、记过、降级、调岗、解除劳动合同等。这些措施既符合法律法规的规定，也能有效地维护超市的秩序和利益。

同时，如果员工因为超市的违法罚款行为受到了损害，员工有权向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。超市还应当承担因违法罚款行为给员工造成的损害赔偿责任。

最后，我想给超市一些合法管理员工的建议。超市应当制定合法的规章制度，明确员工的权利和义务，以及违规行为的处理程序和标准。在制定涉及员工切身利益的规章制度时，应遵循《中华人民共和国劳动合同法》的规定，确保内容的合法性，并经过职工代表大会或全体职工的讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，最终进行公示或告知员工。

综上所述，超市对员工进行罚款是违法的行为，不仅违反了法律法规的规定，也损害了员工的合法权益。超市应当依法经营，通过合法合规的手段来管理员工，确保企业的稳定发展和员工的合法权益得到保障。