结论：这种情况是否违法不能一概而论，需要分情况讨论。
如果存在合法劳务派遣或关联公司用工安排：
- 在一些情况下，公司可能通过合法的劳务派遣方式用工，即劳动者与劳务派遣公司签订劳动合同，由劳务派遣公司将劳动者派遣至实际用工单位工作，工资也由劳务派遣公司发放。这种情况下，只要劳务派遣公司具备相应的劳务派遣资质，且劳务派遣用工符合法律规定的比例和岗位范围等要求，那么这种用工和工资发放方式是合法的。
- 另外，如果两家公司存在关联关系，例如是母子公司或总分公司等，且在内部有合理的财务和人事安排，劳动者与其中一家公司签订合同，由另一家公司发放工资，只要整体用工关系清晰、符合法律规定，也是合法的。例如，子公司招聘员工，但因财务集中管理等原因，由母公司统一发放工资，只要子公司与员工之间的劳动关系明确，且母公司的工资发放行为是基于子公司的委托等合法原因，就不违法。
如果不存在合法劳务派遣或关联公司合理用工安排，可能涉及违法：
- 规避法律责任风险：如果实际用工单位为了规避某些法律责任，如逃避为劳动者缴纳社会保险、承担工伤赔偿责任等，而故意让劳动者与另一家公司签订合同、由另一家公司发放工资，这种行为可能被认定为违法。例如，实际用工单位没有与劳动者签订劳动合同以规避双倍工资赔偿等责任，通过这种操作来掩盖真实的劳动关系，一旦被查实，可能要承担相应的法律后果。
- 损害劳动者权益风险：从劳动者权益保护角度来看，这种操作可能导致劳动者在维权时面临困难。比如，当发生劳动纠纷时，劳动者可能难以确定真正的用人单位，不知道应该向哪家公司主张权利。而且，如果发放工资的公司出现经营问题或恶意拖欠工资等情况，劳动者的权益可能无法得到有效保障。根据《劳动合同法》等相关法律规定，用人单位应当与劳动者签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、劳动报酬、社会保险等事项。如果这种操作导致劳动者的这些合法权益受到侵害，那么这种行为就可能违反了相关法律规定。
建议：
- 如果你遇到这种情况，首先要保留好与工作相关的各种证据，如工作证、考勤记录、工作邮件、工资条等，这些证据可以帮助你证明你与实际用工单位之间的劳动关系以及工资发放等情况。
- 你可以先与实际用工单位和签订合同的公司进行沟通协商，要求他们明确你的用人单位、工资发放主体以及社会保险缴纳等情况，并要求签订合法合规的劳动合同。
- 如果沟通协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的用工行为进行监督检查，并责令其改正违法行为。
- 你也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
如果你还有其他关于合同纠纷或劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。