结论前置：关于“有出勤工资迟到扣考勤是否合理”的问题，这主要取决于公司规章制度的具体内容以及是否合法合规。以下从多个角度进行分析：
公司规章制度的角度：
- 公司有权根据自身的经营需要和管理要求，制定规章制度，包括考勤制度和工资扣除规定。如果公司的规章制度中明确规定了迟到会扣除相应的考勤分或工资，并且这一规定在制定时经过了民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），且已向员工公示或告知，那么从公司内部管理的角度来看，这一规定是合理的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”
合法合规性的角度：
- 即使公司规章制度中有关于迟到扣除工资的规定，这一规定也必须符合法律法规的强制性规定。例如，扣除的工资数额不能超过法定限额，不能违反最低工资标准等。如果扣除的工资过多或违反了相关法律法规，那么这一规定就是不合法的，员工有权提出异议并寻求法律救济。
- 具体限制：根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”虽然这一条款直接针对的是因劳动者原因造成经济损失的情况，但类似的原则也适用于迟到扣除工资的情形，即扣除的工资应有限度，不能过度侵害劳动者的合法权益。
实际操作的角度：
- 在实际操作中，公司应确保考勤制度的公平、公正和透明，避免主观随意地扣除员工工资。同时，公司也应提供合理的申诉渠道，允许员工对考勤记录或工资扣除提出异议，并进行及时、公正的处理。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司的考勤制度或工资扣除规定不合理或违法，可以先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应确保规章制度的合法合规性，并在制定和执行过程中充分考虑员工的权益和感受，以维护良好的劳动关系和企业文化。
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