跨省运输动物未经指定通道，将可能面临行政处罚，具体处罚措施依据相关法律法规确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，跨省、自治区、直辖市引进的种用、乳用动物到达输入地后，应当在隔离场或者饲养场内的隔离舍进行隔离观察。同时，运输动物应当经过指定的通道进入省、自治区、直辖市，未经指定通道进入的，动物卫生监督机构有权依法进行处罚。
二、处罚措施
责令改正：
- 动物卫生监督机构在发现未经指定通道运输动物的行为后，首先会责令运输者立即改正，即要求运输者通过指定通道进行运输。
罚款：
- 如果运输者拒不改正或者情节严重的，动物卫生监督机构将依据相关法律法规对其处以罚款。罚款的数额会根据违法行为的严重程度、造成的后果以及运输者的主观过错等因素进行综合考量。一般来说，罚款的数额可能从几千元到数万元不等，具体数额需由动物卫生监督机构根据实际情况确定。
其他处罚：
- 在某些情况下，如果未经指定通道运输动物的行为导致了动物疫病的传播或者其他严重后果，运输者还可能面临更严厉的处罚，如吊销相关许可证、承担民事赔偿责任甚至刑事责任等。不过，这些处罚通常适用于情节特别严重的情况。
三、实际案例与解释
- 案例一：某运输公司未经指定通道跨省运输一批种猪，被动物卫生监督机构查获。经调查，该运输公司未按照规定通过指定通道进行运输，且未对运输的动物进行必要的检疫和隔离观察。最终，动物卫生监督机构对该运输公司处以罚款，并责令其立即改正违法行为。
- 解释：在这个案例中，运输公司因为违反了《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，未经指定通道运输动物，且未进行必要的检疫和隔离观察，因此受到了行政处罚。这体现了法律对动物运输行为的严格监管和对动物疫病防控的重视。
四、建议与提醒
遵守法律法规：
- 运输者在跨省运输动物时，务必遵守相关法律法规的规定，通过指定通道进行运输，并接受动物卫生监督机构的检查和检疫。
加强自我管理：
- 运输者应加强自我管理，建立健全的运输管理制度和检疫制度，确保运输的动物符合相关标准和要求。
及时咨询与了解：
- 如果对相关法律法规或运输要求有疑问或不了解的地方，运输者应及时向当地动物卫生监督机构或相关部门咨询和了解，以避免因违法行为而受到处罚。
如果您在跨省运输动物方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。