结论：正常工作日请假扣周六日加班工资的做法，在大多数情况下是不合法的。具体是否合法，需结合劳动合同、公司规章制度以及劳动法的相关规定来综合判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、法定节假日与非法定节假日的调休与加班工资支付
法定节假日调休：
- 国家法定节假日的放假安排通常由政府统一发布调休通知，这种基于国家统一安排的调休是合法的。但在此情况下，若员工因请假而错过调休的工作日，公司通常不会因此扣减其周六日的加班工资，因为法定节假日的调休与加班工资支付是两个独立的问题。
非法定节假日调休：
- 对于非法定节假日，若公司因生产经营需要调整工作时间，并在工作日放假后安排员工在周末加班以抵扣，这种做法必须满足以下条件才合法：
- 经与工会和劳动者协商一致；
- 按照法律规定支付相应的加班工资或安排补休。
- 若公司未经协商一致，擅自决定扣减员工周六日的加班工资以抵扣工作日请假，这种做法是不合法的。
二、工作合同与公司规章制度的约定
- 员工的工作时间和休息时间受劳动法严格保护。通常，工作日请假不应直接与周末加班时间相抵扣，除非工作合同或公司规章制度中有明确规定，并且这种抵扣方式符合当地劳动法律法规的要求。
- 即使工作合同或公司规章制度中有相关规定，也必须确保员工的权益得到充分保障，抵扣方式合理、透明，且员工对此有明确的了解和同意。
三、加班工资的支付规定
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 若公司因员工工作日请假而扣减其周六日的加班工资，这实际上是在剥夺员工应得的加班报酬，违反了劳动法的规定。
四、实际操作中的建议
对于员工：
- 若公司存在扣减周六日加班工资以抵扣工作日请假的情况，员工应首先查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解是否有相关规定。
- 若无相关规定或规定不合法，员工有权拒绝公司的做法，并可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
对于公司：
- 公司应制定合法、合理的规章制度，明确请假与加班工资支付的相关规定。
- 在调整工作时间或安排加班时，应与员工充分协商，并确保按照法律规定支付加班工资或安排补休。
举例说明：假设某员工在周六加班，按照法律规定应获得双倍工资。若该员工在正常工作日请假，公司不能因此扣减其周六的加班工资。若公司试图这样做，员工有权提出异议并维护自己的权益。
总结：正常工作日请假扣周六日加班工资的做法在大多数情况下是不合法的。员工应了解自己的权益和法律规定，并在必要时采取行动来维护自己的合法权益。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。