海船航行时若只有一人值班，属于违反航行安全规定的行为，具体处罚需根据违规情节的严重性、是否造成事故或损害后果等因素综合判定，可能面临行政处罚或刑事处罚。以下从不同角度展开说明：

一、行政处罚层面

1. 法律依据
   根据《中华人民共和国海上交通安全法》及《中华人民共和国船员条例》等相关规定，海船航行期间必须满足最低安全配员要求，值班安排需确保船舶安全航行。若仅有一人值班，可能构成“未保持正规瞭望”“未按规定配备船员”或“未履行安全值班职责”等违规行为。

2. 处罚措施

   • 罚款：海事管理机构可对船长或责任船员处以罚款，金额通常根据违规情节轻重确定，可能从数千元至数万元不等。
     
   • 扣留证书：情节严重的，可能扣留船员适任证书或其他法定证书，期限视违规程度而定。
     
   • 责令整改：要求船舶立即调整值班安排，确保符合安全要求。

二、刑事处罚层面（若构成犯罪）

1. 法律依据
   若因单人值班导致重大事故（如碰撞、搁浅、沉没等），且船员存在过失或故意违规行为，可能触犯《中华人民共和国刑法》中的相关罪名，例如：

   • 重大责任事故罪（《刑法》第134条）：因违反安全管理规定导致严重后果的，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。
     
   • 危险作业罪（《刑法》第134条之一）：在生产、作业中违反有关安全管理规定，具有发生重大伤亡事故或其他严重后果的现实危险的，处一年以下有期徒刑、拘役或管制。

2. 处罚措施
   若构成犯罪，除承担刑事责任外，还可能面临行业禁入、吊销船员证书等附加处罚。

三、其他后果

1. 保险理赔风险
   保险公司可能以“违反安全规定”为由拒绝赔偿因单人值班导致的事故损失。

2. 民事赔偿责任
   若事故造成第三方损害，船员或船舶所有人可能需承担民事赔偿责任。

四、建议

1. 严格遵守配员要求：确保航行期间值班人员数量符合最低安全配员标准，避免单人值班。
   
2. 完善值班制度：建立科学的值班安排，明确职责分工，确保船舶安全。
   
3. 加强培训与监督：定期组织船员进行安全培训，强化安全意识，避免违规行为。

若您或您的船舶涉及此类问题，建议立即整改并咨询专业律师，以降低法律风险。