针对船舶配员不足的情况，根据《中华人民共和国海上交通安全法》及相关海事行政处罚规定，将进行如下处罚：

首先，海事管理机构会责令船舶改正其配员不足的问题，确保船舶达到最低安全配员要求。这是为了保障船舶的航行安全，以及船员的工作负担和应急反应能力。

其次，对于违法船舶或者海上设施的所有人、经营人或者管理人，将处以二万元以上二十万元以下的罚款。这一罚款数额的设定，旨在体现对违法行为的严惩，以儆效尤。

同时，对于船长和有关责任人员，也将处以二千元以上二万元以下的罚款。这是因为船长和责任船员在船舶配员管理中承担着重要责任，其违法行为应受到相应的处罚。

此外，如果情节严重，海事管理机构还将吊销违法船舶所有人、经营人或者管理人的有关证书、文书，这是对其违法行为的进一步严厉制裁。同时，船长、责任船员的船员适任证书也将被暂扣十二个月至二十四个月，甚至可能被吊销，以确保其不再从事违法违规行为。

综上所述，船舶配员不足将受到严格的法律制裁，包括责令改正、罚款、吊销证书以及暂扣或吊销船员适任证书等。因此，船舶所有人、经营人、管理人以及船长和责任船员应严格遵守相关法律法规，确保船舶配员符合最低安全要求，保障船舶航行安全。