在违法用地调查中，若当事人不配合，可按以下方式处理：

1. 法律程序与强制措施
   根据《土地管理法》《行政处罚法》等相关规定，自然资源主管部门有权依法开展调查。若当事人拒绝配合（如拒绝进入现场、拒不提供文件、阻挠执法人员取证等），执法部门可采取以下措施：
   

• 书面催告：向当事人发出《协助调查通知书》，明确要求其配合调查的义务及不配合的法律后果（如罚款、强制执行等）。
  
• 强制进入现场：若当事人阻挠执法人员进入违法用地现场，可依据《行政强制法》申请公安机关协助，或依法采取强制手段进入（如破门、拆除障碍物等），但需注意程序合法性（如全程录音录像、出示执法证件等）。
  
• 证据固定：通过无人机航拍、卫星遥感、周边证人证言等方式间接取证，降低对当事人配合的依赖。
  

1. 行政处罚与信用惩戒
   若当事人持续不配合，可依法对其违法行为作出行政处罚决定（如责令退还土地、限期拆除、罚款等），并将不配合行为作为从重处罚情节。同时，可将其纳入失信联合惩戒名单，限制其参与政府采购、招投标等活动。

2. 刑事责任追究
   若当事人行为涉嫌犯罪（如暴力抗法、毁坏证据等），可依据《刑法》第二百七十七条（妨害公务罪）或第三百一十条（包庇罪）等条款，将案件移送公安机关立案侦查。

3. 程序合法性保障
   在处理过程中，需严格遵守法定程序：

• 执法人员资质：确保参与调查的人员具备行政执法资格，并出示有效证件。
  
• 权利告知：向当事人书面告知其陈述、申辩、申请听证等权利，避免程序瑕疵导致行政行为被撤销。
  
• 文书规范：所有催告、决定等文书需依法送达，并留存送达回证。
  

建议：若您是执法部门，建议优先通过书面催告、说服教育等方式争取当事人配合；若您是当事人，需注意不配合可能加重法律后果，建议及时咨询律师了解自身权利义务，避免因情绪化对抗导致更严重损失。如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会为您分析应对策略。