当土地违法当事人拒绝调查时，相关部门会依据法律法规采取一系列措施来处理此类情况。以下是对此问题的详细解答：
首先，需要明确的是，拒绝或阻挠土地调查人员依法进行调查是违法行为，并会受到相应的法律制裁。根据《土地调查条例》（2018年修正）第三十二条的规定，接受调查的单位和个人如果拒绝或者阻挠土地调查人员依法进行调查，将由县级以上人民政府国土资源主管部门责令限期改正，并可以处以5万元以下的罚款。如果这种行为构成违反治安管理行为，公安机关将依法给予治安管理处罚。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
在处理拒绝调查的情况时，市自然资源局等相关部门会遵循以下流程：
立案责任：一旦发现拒绝或阻挠土地调查的行为，相关部门会进行审查，并决定是否立案处理。
调查责任：对于已经立案的案件，会指定专人负责，并及时组织调查取证。在调查过程中，执法人员会出示执法证件，听取当事人的辩解陈述，并制作记录。同时，执法人员会保守相关秘密，并确保调查过程的公正性和合法性。
审查责任：调查完成后，会对案件调查报告进行审查，包括违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度以及当事人的陈述和申辩理由等方面。
告知责任：在作出行政处罚决定之前，会制作《行政处罚通知书》并送达当事人，告知其违法事实以及享有的陈述、申辩等权利。如果符合听证规定，还会制作并送达《行政处罚听证告知书》。
决定责任：根据审查结果，会制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容，并依法送达当事人。
执行与监督：行政处罚决定生效后，会监督当事人履行处罚决定。如果当事人拒不履行，相关部门有权采取很多强制措施来执行处罚，像是冻结银行账户、查封财产等。
此外，如果自然资源主管部门的工作人员在处理过程中玩忽职守、滥用职权或徇私舞弊，也会依法追究其责任。尚不构成犯罪的，会依法给予处分；构成犯罪的，则依法追究刑事责任。
综上所述，当土地违法当事人拒绝调查时，相关部门会依法采取一系列措施来处理此类情况，确保土地调查工作的顺利进行和法律法规的严肃性。因此，建议当事人积极配合土地调查工作，避免不必要的法律风险和损失。