针对违法用地户拒不配合整改的情况，政府部门将依法采取一系列措施进行处理，当事人应积极配合以避免不必要的法律后果。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律定性及责任
行政责任
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
- 若当事人拒不配合整改，行政机关可依法申请法院强制执行，相关费用由违建者承担。
刑事责任风险
- 若当事人以暴力、威胁手段阻碍执法，可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百七十七条妨害公务罪，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或罚金。
其他影响
- 当事人的信用记录可能受损，影响贷款、招投标等社会活动。
- 可能引发相邻权纠纷，需赔偿他人损失。
二、处理流程
调查与认定
- 相关部门将对违法用地进行详细调查，收集证据，包括位置、面积、建设时间等，以确定其是否属于违法建筑。
- 依据调查结果和法律法规，相关部门将出具书面认定文件，明确告知当事人违法事实、依据和理由。
责令整改与催告
- 相关部门将责令当事人停止建设并限期拆除违法建筑。
- 下达责令限期拆除通知，明确拆除期限，并告知当事人陈述、申辩权利。
- 若当事人未在规定期限内自行拆除，相关部门将下达催告书，再次提醒并给予合理宽限期。
强制执行
- 若当事人仍不配合，相关部门将依法作出强制拆除决定，明确拆除时间、方式等，并告知行政复议或诉讼权利及期限。
- 复议和诉讼期限届满后，若当事人未采取行动，相关部门将按法定程序实施强制拆除，确保过程合法、公正、透明，并对建筑物内物品进行登记和妥善保管。
三、应对策略与建议
对于行政机关
- 程序合规性：确保送达《责令改正通知书》《催告书》等文书，保障当事人的陈述申辩权。
- 联合执法：协调公安、消防等部门保障现场秩序。
- 司法衔接：对阻挠执法的，及时移送公安机关处理。
对于当事人
- 积极配合：主动配合政府部门的整改要求，及时采取措施消除违法状态，以避免不必要的法律后果。
- 行政复议/诉讼：若认为行政机关的处理决定存在程序瑕疵或事实错误，可在法定期限内提出行政复议或提起行政诉讼。
- 协商调解：通过社区、街道等组织沟通，争取合理补偿（如合法部分区分处理）。
四、典型案例参考
案例：某市居民李某在楼顶擅自搭建阳光房，被城管部门认定为违建并下达《责令限期拆除通知书》。李某拒绝配合，行政机关依法公告后实施强拆，李某起诉至法院。
结果：法院判决支持行政机关，李某需承担拆除费用及诉讼费。
综上所述，违法用地户拒不配合整改将面临行政处罚甚至刑事责任的风险。建议当事人积极配合政府部门的整改要求，及时采取措施消除违法状态。若对处理决定有异议，可通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。