结论：您自己办的特种作业证被公司扫描后，离职时一般无法直接要求公司“清除”已扫描的证件信息，但可以通过协商、投诉或法律途径要求公司停止使用或删除相关信息，具体取决于公司的行为性质及您的权益受损情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司扫描证件的合法性分析
合法收集：如果公司是基于合法目的（如核实员工资质、确保安全生产等），且在收集时明确告知了您收集的目的、方式及范围，并获得了您的同意，那么公司的行为通常是合法的。
非法收集：如果公司未经您同意，擅自扫描您的特种作业证，或者收集的目的与工作无关，甚至可能用于非法用途，那么公司的行为可能构成侵权。
二、离职后公司对证件信息的处理
一般情况：离职后，公司通常没有义务主动删除或“清除”已扫描的证件信息，除非这些信息被用于非法目的或侵犯了您的隐私权等合法权益。
协商要求：您可以与公司协商，要求公司停止使用或删除您的证件信息。如果公司同意，那么问题可以得到解决。
投诉与举报：如果公司拒绝协商或继续非法使用您的证件信息，您可以向相关部门（如劳动监察部门、市场监管部门等）投诉或举报，要求对公司进行查处。
三、法律途径保护权益
隐私权保护：如果公司非法使用或泄露您的证件信息，侵犯了您的隐私权，您可以依据《中华人民共和国民法典》中关于隐私权保护的规定，向法院提起诉讼，要求公司承担侵权责任。
劳动合同纠纷：如果公司因您离职而非法扣留或使用您的证件信息，导致您无法正常就业或遭受其他损失，您可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司赔偿损失。
四、实际操作建议
保留证据：无论采取哪种途径，都建议您先保留好相关证据，如公司扫描证件的记录、您与公司协商的记录、公司非法使用证件的证据等。
咨询专业意见：在采取行动前，建议您先咨询专业律师的意见，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律后果。
谨慎处理：在处理此类问题时，请保持冷静和理性，避免采取过激行为或发表不当言论，以免给自己带来不必要的麻烦。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。