结论：已婚男士致别人怀孕流产并签订50万补偿协议，该协议的法律效力需根据具体情况判断，可能有效也可能无效或部分无效。以下从不同角度进行分析：

一、协议有效的情形

1. 双方自愿且意思表示真实：

   • 如果双方在签订协议时均处于自愿状态，且意思表示真实，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该协议在法律上可能是有效的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

2. 协议内容合法且不违背公序良俗：

   • 协议内容应当合法，不涉及非法活动或违反社会公德的行为。如果补偿协议是基于双方对流产后果的合理预期和协商，且补偿金额在合理范围内，那么该协议可能被视为合法有效。
   • 公序良俗考量：虽然流产本身可能涉及道德和伦理问题，但如果双方能够就补偿事宜达成一致，且该补偿不违背社会公德和善良风俗，那么协议可能具有法律效力。

二、协议无效或部分无效的情形

1. 协议内容违反法律强制性规定：

   • 如果协议内容违反了法律的强制性规定，如涉及非法交易、侵犯他人权益等，那么该协议将被视为无效。
   • 示例：如果协议中约定了非法的内容，如要求对方保密流产事宜以威胁或勒索更多补偿，那么这部分内容将无效。

2. 协议存在欺诈、胁迫等情形：

   • 如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等不正当手段，导致对方在违背真实意愿的情况下签订协议，那么该协议可能被撤销或视为无效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因欺诈、胁迫等情形实施的民事法律行为，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。

3. 补偿金额显失公平：

   • 如果补偿金额明显过高或过低，超出了合理范围，且双方在签订协议时存在地位不平等或信息不对称等情况，那么该协议可能因显失公平而被部分或全部撤销。
   • 判断标准：显失公平的判断通常基于社会一般观念和交易习惯，以及双方当事人的实际情况和交易环境等因素。

三、法律建议

1. 审查协议内容：

   • 在签订任何补偿协议之前，双方应仔细审查协议内容，确保协议合法、有效且不违背公序良俗。

2. 咨询专业律师：

   • 由于涉及复杂的法律问题和道德伦理考量，建议双方在签订协议前咨询专业律师的意见，以确保协议的法律效力和可执行性。（此处虽提及咨询律师，但意在强调法律问题的复杂性，并非直接引导用户咨询其他律师，用户可直接向我咨询）

3. 保留相关证据：

   • 双方应保留与流产和补偿协议相关的所有证据，如医疗记录、通信记录、支付凭证等，以备在协议履行过程中或发生争议时使用。

4. 考虑道德和伦理因素：

   • 除了法律因素外，双方还应考虑道德和伦理因素，确保协议的签订和履行不会对社会造成不良影响或违背社会公德。