双方签订的流产补偿协议，在符合法律规定且不存在无效情形时，是有效的。以下是对此问题的详细分析：

一、协议有效的基本条件

1. 双方自愿：协议的签订必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时受到欺诈或胁迫，那么该协议可能因缺乏自愿性而无效。
2. 内容合法：协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。流产补偿协议的内容应当围绕流产相关的补偿事宜进行约定，如补偿金额、支付方式、支付时间等，且这些约定不得违反法律法规的强制性规定。
3. 形式合法：虽然流产补偿协议并非必须采用书面形式，但为了确保协议的明确性和可证明性，建议双方采用书面形式签订协议。书面协议可以清晰地记录双方的权利和义务，避免口头协议可能带来的争议。

二、可能影响协议效力的情形

1. 协议内容显失公平：如果协议中的补偿金额明显低于流产对女方造成的实际损失，或者协议中的其他条款明显对一方不利，那么该协议可能因显失公平而被撤销或变更。
2. 协议违反法律法规：如果协议中的内容违反了法律法规的强制性规定，如约定了非法的内容或行为，那么该协议将因违法而无效。
3. 一方存在重大误解：如果一方在签订协议时对协议的内容存在重大误解，且这种误解直接影响了其签订协议的决定，那么该协议可能因重大误解而被撤销。

三、法律建议

1. 在签订协议前，双方应充分了解相关法律法规：确保协议的内容合法合规，避免因违反法律法规而导致协议无效。
2. 协议内容应明确具体：包括补偿金额、支付方式、支付时间等关键条款，以避免后续争议。
3. 考虑咨询专业律师：虽然我已经为你提供了基本的法律分析，但每个具体案件都有其独特性。如果你对协议的效力或内容存在疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

总结来说，双方签订的流产补偿协议在符合法律规定且不存在无效情形时是有效的。但为了确保协议的合法性和有效性，双方在签订协议前应充分了解相关法律法规，并确保协议内容明确具体。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。