男方与小三签订的因怀孕不肯打胎而妥协的补偿协议，其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 协议内容的合法性：

   • 如果协议内容涉及对未出生胎儿的生命权、健康权的保护，以及合理的经济补偿，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议在道德和法律上可能被视为合法。
   • 然而，如果协议内容存在违法、违背公序良俗或侵犯他人合法权益的情况，如约定支付高额“堕胎费”以促使小三打胎，或侵犯原配偶的合法权益，那么该协议将被视为无效。

2. 协议签订双方的意愿：

   • 协议的签订必须基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等违法情形。如果小三是在被胁迫或欺诈的情况下签订的协议，那么该协议可能被视为可撤销。

3. 协议的法律效力：

   • 协议一旦签订并生效，即对双方产生法律约束力。但如果协议内容违法或违反公序良俗，那么即使双方已经签订，法院也可能认定该协议无效。

4. 对原配偶的影响：

   • 如果男方在婚姻存续期间与小三签订此类协议，且涉及夫妻共同财产，那么该协议可能侵犯原配偶的合法权益。在此情况下，原配偶有权向法院提起诉讼，要求确认协议无效或要求男方承担相应的法律责任。

综上所述，男方与小三因怀孕不肯打胎而妥协的补偿协议的合法性需根据具体情况来判断。在签订此类协议时，双方应谨慎考虑协议内容的合法性、道德性以及对他人合法权益的影响。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律意见。