结论：女方给男方打胎后，男方自愿签署的300万赔偿协议是否生效，需根据具体情况判断，若协议内容合法、双方意思表示真实且不存在其他无效情形，则协议生效；反之，则可能不生效或部分不生效。以下从多个角度进行分析：
一、协议生效的法定条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为生效需满足以下条件：
- 行为人具有相应的民事行为能力：即男方和女方在签署协议时，均需具备完全民事行为能力，能够理解并承担协议的法律后果。
- 意思表示真实：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。若男方是在受到女方或第三方胁迫、欺诈的情况下签署协议，则协议可能因意思表示不真实而无效。
- 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容需合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。若协议内容涉及非法行为或违背社会道德风尚，则协议无效。
二、协议可能无效或部分无效的情形
- 显失公平：若300万的赔偿金额明显超出合理范围，对男方而言显失公平，男方有权请求人民法院或仲裁机构予以变更或撤销。
- 以合法形式掩盖非法目的：若双方签署协议的真实目的并非为了赔偿打胎造成的损失，而是为了其他非法目的（如逃避债务、转移财产等），则协议无效。
- 违反法律、行政法规的强制性规定：若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定（如涉及赌博、贩毒等非法行为），则协议无效。
三、实际案例与法律建议
- 实际案例：在司法实践中，类似因打胎而签署的赔偿协议，若金额合理且双方意思表示真实，通常会被认定为有效。但若金额过高或存在其他无效情形，则可能被法院调整或撤销。
- 法律建议：
- 签署前谨慎考虑：双方在签署协议前，应充分了解协议的法律后果，确保协议内容合法、合理。
- 保留证据：若协议是在特定情境下签署（如女方威胁、男方醉酒等），应保留相关证据以证明协议存在无效情形。
- 寻求法律帮助：若对协议的法律效力存在疑问，建议及时咨询专业律师，以便得到更准确的法律意见。
四、特殊情形下的协议效力
若男方在签署协议后反悔，或女方认为协议金额过低要求增加赔偿，双方均可通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。在此过程中，法院或仲裁机构将根据协议内容、双方意思表示、实际损失等因素综合判断协议的效力及赔偿金额。
总结：女方给男方打胎后，男方自愿签署的300万赔偿协议是否生效，需根据具体情况判断。若协议内容合法、双方意思表示真实且不存在其他无效情形，则协议生效；反之，则可能不生效或部分不生效。在处理此类纠纷时，建议双方保持冷静、理性沟通，并寻求专业律师的帮助以维护自身合法权益。