签订的小三怀孕赔偿协议一般无效。下面是对此问题的详细分析：
一. 协议效力分析
协议生效条件
- 订立赔偿协议的双方当事人，必须具有相应的民事行为能力。
- 赔偿协议必须是双方当事人真实的意思表示。
- 赔偿协议的内容不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背社会的公序良俗。
小三怀孕赔偿协议的特殊性
- 违背公序良俗：小三怀孕本身涉及婚外情，这种关系违背了社会的公序良俗。因此，即使双方签订了赔偿协议，该协议也可能因为违背公序良俗而被认定为无效。
- 可能涉及违法犯罪：如果男方已婚，而小三明知男方有配偶仍与其发生关系并怀孕，这种行为可能构成事实上的重婚罪（依据《中华人民共和国刑法》第二百五十八条）。在此情况下，双方签订的赔偿协议可能因涉及违法犯罪活动而被视为无效。
二. 法律后果
协议无效的法律后果
- 如果赔偿协议被认定为无效，那么该协议对双方当事人均不具有法律约束力。双方无需按照协议内容履行义务。
- 如果一方因签订或履行无效协议而遭受损失，可以向另一方主张损害赔偿。但在此类案件中，由于双方均存在过错（如婚外情等），法院可能会根据双方的过错程度来判定损失的分担。
非婚生子女的权益保护
- 虽然小三怀孕赔偿协议可能无效，但如果小三选择生下孩子，那么这个孩子作为非婚生子女，享有与婚生子女同等的权利（依据《中华人民共和国民法典》第一千零七十一条）。这意味着，孩子的生父或生母都有抚养的义务。如果男方不直接抚养孩子，女方可以要求男方承担孩子的抚养费。
三. 建议
避免签订此类协议
- 为了避免不必要的法律纠纷和道德风险，建议双方不要签订此类涉及小三怀孕的赔偿协议。
合法解决纠纷
- 如果双方因小三怀孕问题产生纠纷，建议通过合法途径解决，如协商、调解或诉讼等。在解决纠纷的过程中，应尊重法律和社会公德，避免采取过激或违法的行为。
我的观点是，签订的小三怀孕赔偿协议由于违背公序良俗和可能涉及违法犯罪活动，一般被认定为无效。因此，双方应谨慎对待此类问题，避免签订无效协议并寻求合法途径解决纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。