合作建房合同约定50年后，合同条款的效力及后续处理需结合具体约定、法律规定及实际情况综合判断，核心结论如下：

1. 合同条款的效力
   若合同中明确约定了50年后的处理方式（如产权归属、续期条件、补偿机制等），且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（如《民法典》关于合同效力的规定），则该条款原则上有效，双方应按约定履行。
   例外情形：若约定涉及土地使用权期限（如住宅用地70年、商业用地40年等），超出土地使用权期限的部分可能因违反《城市房地产管理法》等规定而无效，需依法调整。

2. 土地使用权期限届满的处理
   若合作建房涉及的土地使用权期限在50年内届满（如住宅用地70年，50年后剩余20年），需根据《民法典》第359条处理：

   • 住宅建设用地：自动续期，续期费用的缴纳或减免依照法律、行政法规的规定办理；
     
   • 非住宅建设用地：依法办理续期，未申请续期或未获批准的，土地使用权由国家无偿收回，地上建筑物、构筑物按约定处理（无约定的，参照适用法定规则）。
     建议：合同中可提前约定续期申请主体、费用承担方式，避免纠纷。

3. 合同未约定或约定不明的处理
   若合同未约定50年后的处理方式，或约定模糊导致无法履行，双方可协商补充协议；协商不成的，可依据《民法典》第510条、第511条处理：

   • 按合同相关条款或交易习惯确定；
     
   • 仍无法确定的，根据合同目的、性质及公平原则处理（如按出资比例分配产权、折价补偿等）。

4. 合同解除或终止的情形
   若50年内发生法定或约定解除事由（如一方严重违约、不可抗力导致合同目的无法实现等），合同可提前解除或终止，但需依法处理后续事宜（如返还投资、赔偿损失、分割共有物等）。

行动建议：

• 审查合同条款，明确50年后的具体约定及土地使用权期限；
  
• 若约定存在瑕疵或风险，及时与对方协商补充或修改；
  
• 涉及土地使用权续期的，提前了解当地政策并准备申请材料；
  
• 发生纠纷时，优先通过协商、调解解决，必要时依法诉讼或仲裁。
  

如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供针对性建议。