结论前置：协议不盖法人章而仅有法人签字，在一般情况下是有效的，但也存在特殊情况下可能无效的风险。为确保协议的有效性和减少潜在争议，建议在签订协议时同时加盖法人的公章并获取法定代表人的签字，或在协议中明确约定签字与盖章具有同等法律效力。
一、一般情况下的有效性
法理依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第六十一条，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。这意味着法定代表人签字的行为通常被视为法人的行为，对法人产生法律约束力。
- 《民法典》第四百九十条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明签字和盖章都是合同成立的合法方式。
具体解释：
- 在大多数商业交易和合同签订中，法定代表人的签字具有与盖章同等的法律效力。只要签字是真实的，即使没有盖章，协议一般也是有效的。
- 法人签字代表法人的意思表示，是对协议内容的认可和承诺，能够证明协议是双方真实意愿的体现。
二、特殊情况下的可能无效性
签字人非法定代表人：
- 如果签字人并非法人的法定代表人，且没有得到法人的授权，该签字行为可能无法代表法人的意志。例如，法人的普通员工在没有授权的情况下签订的协议，对法人可能不具有约束力，除非后续得到法人的追认。
存在约定必须盖章才生效的情形：
- 双方可以在协议中明确约定生效条件，如必须经法人盖章后才生效。这种约定体现了双方对合同生效条件的特别约定，应当遵循当事人的意思自治原则。若未满足约定的盖章条件，协议将不生效。
特定行业或领域的特殊要求：
- 在某些特定行业或领域，如金融、证券等，可能存在对协议签署形式的特殊要求。这些要求可能涉及必须由法定代表人签字并加盖公章等，以确保交易的安全性和真实性。若未满足这些特殊要求，协议可能无效。
三、存在的风险及应对建议
存在的风险：
- 对方可能以未盖章为由主张协议无效，给协议的履行带来麻烦和争议。
- 如果协议中明确约定了必须盖章才生效，而仅有法人签字，则协议将无法生效。
应对建议：
- 明确约定：在签订协议时，双方可以明确约定签字和盖章具有同等的法律效力，以避免因未盖章而产生的争议。
- 完善手续：为降低风险，建议在签订协议时同时加盖法人的公章并获取法定代表人的签字。若因特殊原因无法同时加盖公章和签字，可在协议中明确说明原因，并约定其他替代方式以证明协议的有效性。
- 保留证据：在签订协议过程中，应保留好相关证据，如签字人的身份证明、授权委托书等，以证明签字行为的合法性和有效性。
综上所述，虽然协议只有法人签字没有盖章在一般情况下是有效的，但为了避免潜在的风险和争议，双方应谨慎处理签字和盖章问题。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。