合同中约定部分款项由第三方承担是可以的，但需满足一定条件并注意相关法律问题。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同约定第三方承担款项的合法性
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，享有充分的合同自由，包括约定合同的内容、履行方式等。因此，合同中约定部分款项由第三方承担，并不违反法律的强制性规定，是合法的。
第三方同意：虽然合同双方可以约定由第三方承担部分款项，但这一约定必须得到第三方的同意。如果第三方不同意承担该款项，那么该约定对第三方不产生法律效力，第三方没有义务支付该款项。
二、合同约定第三方承担款项的注意事项
明确约定：在合同中应明确约定由第三方承担的具体款项、金额、支付方式、支付时间等关键信息，以避免产生争议。
第三方资信审查：在约定由第三方承担款项前，应对第三方的资信状况进行审查，确保第三方有支付能力，以降低合同风险。
违约责任：在合同中应明确约定如果第三方未能按时支付款项，应由哪一方承担违约责任，以及违约责任的具体形式和金额等。
三、可能面临的法律风险及应对措施
第三方拒付风险：如果第三方拒绝支付约定的款项，合同双方可能面临无法收回款项的风险。为应对这一风险，可以在合同中约定由违约方承担第三方拒付的款项及因此产生的损失。
合同效力风险：如果合同中的约定违反了法律、行政法规的强制性规定或违背了公序良俗，那么该约定可能被认定为无效。因此，在约定由第三方承担款项时，应确保约定内容合法合规。
诉讼风险：如果因第三方拒付款项而产生争议，合同双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式解决争议。为降低诉讼风险，可以在合同中约定争议解决方式、管辖法院或仲裁机构等。
四、实际操作建议
在合同中明确第三方承担款项的条款：确保合同条款清晰、明确，避免产生歧义。
与第三方签订补充协议：如果可能的话，可以与第三方签订补充协议，明确第三方的支付义务和违约责任等。
保留相关证据：在合同履行过程中，应保留与第三方承担款项相关的所有证据，如支付凭证、沟通记录等，以备不时之需。
总结来说，合同中约定部分款项由第三方承担是合法的，但需满足一定条件并注意相关法律问题。在实际操作中，应明确约定、审查第三方资信、约定违约责任等，以降低合同风险。如果你在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。