行政机关在特定情况下确实有义务配合当事人自行取证，但并非在所有情况下都负有此义务。以下从不同角度为你详细分析：
一、行政机关的配合义务来源
法律法规的明确规定：
- 在某些特定领域，如环境保护、食品安全等，相关法律法规可能明确规定了行政机关在当事人取证时的配合义务。例如，在环境污染案件中，环保部门可能需要提供监测数据、调查报告等证据材料，以协助当事人证明污染事实。
行政机关的职责所在：
- 行政机关作为公共利益的维护者，有责任确保行政行为的合法性和公正性。在当事人自行取证时，如果行政机关掌握的证据与案件事实直接相关，且不涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等敏感信息，行政机关通常应当予以配合，提供必要的证据材料。
二、行政机关不配合的情况及后果
不配合的合法情形：
- 如果当事人要求行政机关提供的证据涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私等敏感信息，行政机关有权拒绝提供，以保护国家利益、商业利益和个人隐私。
- 如果当事人取证的方式不合法或违反程序规定，行政机关也有权拒绝配合。
不配合的违法后果：
- 如果行政机关无正当理由拒绝配合当事人取证，且该证据对案件事实认定具有关键作用，当事人可以依法向行政机关的上级机关或监察机关提出申诉或控告。
- 在行政诉讼中，如果行政机关拒绝提供证据导致当事人无法证明其主张，法院可能会根据证据规则对行政机关作出不利判决。
三、当事人如何应对行政机关不配合的情况
与行政机关沟通协商：
- 当事人可以首先尝试与行政机关进行沟通协商，说明取证的目的和必要性，争取行政机关的理解和支持。
依法申请行政复议或提起行政诉讼：
- 如果沟通协商无果，当事人可以依法向行政机关的上级机关申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，要求行政机关履行配合义务。
寻求法律援助或咨询专业律师：
- 在处理复杂的行政纠纷时，当事人可以寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更专业的法律建议和帮助。
四、实际案例与启示
- 在某起环境污染案件中，当事人需要环保部门提供某企业的排污监测数据以证明污染事实。环保部门最初以涉及商业秘密为由拒绝提供，但在当事人依法申请行政复议后，环保部门最终提供了相关数据。这一案例表明，在符合法律法规和程序规定的前提下，当事人有权要求行政机关配合取证，且行政机关应当履行配合义务。
总结与建议：行政机关在特定情况下确实有义务配合当事人自行取证，但并非在所有情况下都负有此义务。当事人在取证过程中应当遵守法律法规和程序规定，与行政机关进行良好的沟通协商。如果遇到行政机关不配合的情况，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，并寻求法律援助或咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。