在行政诉讼中，被告不质证原告证据，庭后四十天提交书面质证意见，这一行为通常是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：
一、质证程序的基本要求
在行政诉讼中，质证是法庭审理的重要环节，它要求双方当事人在法庭上对对方提出的证据进行质询、辩驳和认证。根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释的规定，质证应当在法庭上进行，由双方当事人当庭出示证据，并进行质证。这是为了确保质证的公开性、公正性和有效性，使法庭能够全面、客观地了解案件事实。
二、庭后提交书面质证意见的合法性分析
程序违法性：
- 被告在庭后四十天提交书面质证意见，违反了质证程序应当在法庭上进行的基本要求。质证是法庭审理的一部分，它要求双方当事人在法庭上直接、即时地对证据进行质询和辩驳。庭后提交书面质证意见，无法保证质证的即时性和互动性，也不利于法庭及时、全面地了解案件事实。
可能影响案件审理：
- 庭后提交书面质证意见，可能会给法庭审理带来不便。法庭在审理案件时，需要根据双方当事人的质证情况，对证据进行认证和采信。如果被告在庭后提交书面质证意见，法庭可能需要重新安排庭审或进行其他补充程序，以处理这些新的质证意见。这不仅会浪费司法资源，还可能影响案件的审理进度和效率。
法律后果：
- 如果被告未在法庭上对原告的证据进行质证，而是庭后提交书面质证意见，法庭可能会视情况决定是否采纳这些质证意见。在极端情况下，如果被告的行为被视为放弃质证权利或妨碍诉讼程序，法庭甚至可能直接认定原告的证据为有效证据。
三、建议与注意事项
遵守质证程序：
- 被告在行政诉讼中，应当严格遵守质证程序的要求，在法庭上对原告的证据进行质证。如果确实需要庭后提交补充质证意见，也应当在法庭允许的范围内进行，并确保及时提交。
积极应对诉讼：
- 被告在行政诉讼中，应当积极应对诉讼，充分准备证据和质证意见。在庭审前，应当对原告的证据进行充分研究和分析，制定出合理的质证策略。在庭审中，应当积极发言、质证，维护自己的合法权益。
寻求专业法律帮助：
- 如果被告对行政诉讼程序或质证要求不熟悉，建议寻求专业法律帮助。律师可以提供专业的法律咨询和诉讼代理服务，帮助被告更好地应对诉讼挑战。
综上所述，在行政诉讼中，被告不质证原告证据，庭后四十天提交书面质证意见，这一行为通常是不合法的。被告应当严格遵守质证程序的要求，在法庭上对原告的证据进行质证，以维护自己的合法权益。如果您在行政诉讼中遇到类似问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。