当公司经营困难，员工与公司协商辞职时，可以遵循以下流程进行：
一、协商准备阶段
明确协商意图：
- 公司应明确表达因经营困难需要与员工协商辞职的意图，并准备好相关的经营状况说明材料，以证明协商的必要性。
- 员工也应了解公司的经营状况，并评估自身情况，为协商做好准备。
确定协商代表：
- 公司可以指定人力资源部门或法务部门的人员作为协商代表，负责与员工进行协商。
- 员工也可以选择代表或自行参与协商，确保自身权益得到充分表达。
二、协商过程阶段
提出协商方案：
- 公司应提出具体的协商辞职方案，包括辞职时间、经济补偿、离职手续办理等事项。
- 方案应合理、合法，并充分考虑员工的利益。例如，经济补偿可以参照《劳动合同法》的相关规定，根据员工的工作年限和工资水平进行计算。
双方协商讨论：
- 双方应就协商方案进行充分讨论，表达各自的意见和诉求。
- 在讨论过程中，应保持理性、平和的态度，寻求双方都能接受的解决方案。
达成协商一致：
- 如果双方能够就协商方案达成一致意见，应签订书面协议，明确双方的权利和义务。
- 协议应包括辞职时间、经济补偿金额及支付方式、离职手续办理流程等关键条款。
三、协议履行阶段
办理离职手续：
- 根据协商协议，员工应按照规定的时间办理离职手续，包括交接工作、归还公司财物等。
- 公司应为员工提供必要的协助和支持，确保离职手续顺利办理。
支付经济补偿：
- 公司应按照协商协议约定的时间和方式支付经济补偿给员工。
- 如果公司未能按时支付经济补偿，员工有权依法追究公司的法律责任。
保留相关证据：
- 双方应保留好协商过程中的相关证据，如协商记录、书面协议等。
- 这些证据在后续可能出现的纠纷中具有重要的证明作用。
四、特殊情况处理
协商不成：
- 如果双方无法就协商方案达成一致意见，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等法律途径解决纠纷。
- 在此过程中，建议双方保持冷静、理性，尊重法律程序，避免采取过激行为。
公司违法解除劳动合同：
- 如果公司在协商过程中存在违法行为，如强迫员工辞职、未支付经济补偿等，员工有权依法追究公司的法律责任。
- 员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
在协商辞职过程中，双方应遵循合法、公平、诚实信用的原则，确保协商结果的合法性和有效性。如果遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。