公司协商离职后的办理流程主要包括以下几个步骤，以下为你详细说明：

1. 协商一致并签署书面协议
   双方需就离职时间、经济补偿、工资结算、社保公积金转移、竞业限制（如有）等核心条款达成一致，并签署书面《协商解除劳动合同协议书》。这是后续流程的基础，务必确保协议内容明确、无歧义，避免口头约定。

2. 办理工作交接
   员工需按公司要求完成工作交接，包括归还办公设备、文件资料、电子账号密码等，并填写《工作交接清单》由双方签字确认。若涉及客户或项目移交，建议留存书面交接记录，防止后续纠纷。

3. 结算工资及经济补偿
   公司应在离职当日或约定日期结清工资、未休年假补偿、加班费等，并支付协商确定的经济补偿金（如有）。若公司拖延支付，员工可依据《劳动合同法》第85条主张加付赔偿金。

4. 办理社保公积金减员及转移
   公司需在离职后15日内为员工办理社保和公积金账户的减员手续。员工若入职新单位，需向新单位提供社保转移单；若暂未就业，可咨询当地社保局关于灵活就业参保或暂停缴费的政策。

5. 开具离职证明
   公司应在离职时出具书面离职证明，内容需包含劳动合同期限、解除日期、工作岗位及在职表现等基本信息。若公司拒绝开具或内容不实，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

6. 处理竞业限制与保密义务（如有）
   若双方约定了竞业限制条款，公司需按月支付经济补偿，员工需遵守限制期限（最长不超过2年）。保密义务则持续有效，员工需避免泄露公司商业秘密，否则可能承担民事或刑事责任。

注意事项：

• 协商过程中建议全程录音或留存书面沟通记录，防止公司反悔；
  
• 若公司提出“自愿离职”或“个人原因辞职”等表述，需谨慎核实是否影响经济补偿权益；
  
• 离职后若发现公司未足额缴纳社保、拖欠工资或存在其他违法行为，仍可在1年内申请劳动仲裁维权。
  

如有具体条款协商或协议审查需求，可直接向我咨询，我会结合你的实际情况提供进一步建议。