政府采购合同中约定质保期三年满以后才付尾款，这种做法是否合规不能一概而论，需分情况讨论：

1. 若合同明确约定且不违反法律法规强制性规定，则合规
   根据《中华人民共和国民法典》第四百七十条，合同内容由当事人约定，包括价款支付条款。政府采购合同本质属于民事合同，只要双方在平等自愿基础上达成合意，且合同条款不违反法律、行政法规的强制性规定（如《政府采购法》中关于采购程序、资金支付等核心条款），则约定质保期满后支付尾款是合法的。
   例如：若采购文件（招标文件）中已明确写明“质保期三年，期满后支付5%尾款”，供应商投标时未提出异议，中标后双方签署合同确认该条款，则该约定有效。

2. 若合同条款违反法律法规强制性规定，则不合规
   需特别注意以下两种情形：

   • 违反财政资金支付规定：根据《政府采购法实施条例》第五十一条，采购人应当按照政府采购合同规定，及时向中标或者成交供应商支付采购资金。若合同约定尾款支付时间过长（如超过项目验收后合理期限），可能被认定为变相拖延支付，违反财政资金使用效率要求。
     
   • 显失公平或损害公共利益：若质保期约定明显过长（如远超行业惯例或产品实际使用寿命），或尾款比例过高（如超过合同总价20%），可能被认定为显失公平，供应商可依据《民法典》第一百五十一条主张撤销该条款。

3. 实务建议

   • 对采购人：建议在采购文件中明确质保期与尾款支付的关联性，例如约定“质保期内供应商履行维修义务后，期满无质量问题一次性支付尾款”，避免因条款模糊引发纠纷。
     
   • 对供应商：签约前应评估质保期与尾款支付时间的合理性，若认为条款显失公平，可依据《政府采购法》第五十二条提出质疑或投诉，或通过协商修改合同。

总结：质保期满后支付尾款的合规性取决于合同约定是否合法、合理。若双方自愿签署且不违反强制性规定，则有效；若存在违法或显失公平情形，则可能被认定无效。如有具体合同条款需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步为您解读。