结论前置：员工请假停发工资在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能存在合法性，需视具体情况而定。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下的不合法性

根据《工资支付暂行规定》第七条，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付，且至少每月支付一次。这一规定确立了工资支付的法定原则，即工资的支付时间是由双方约定所确定的，并且应按时履行。因此，员工请假并非用人单位可以停发工资的合法理由。若用人单位未按照约定日期支付工资，即构成拖欠工资行为，违反了法律规定。

举例说明：假设员工小李因个人原因需要请假一周，并按照公司规定流程提交了请假申请。公司若以小李请假为由停发其当月工资，这种行为就是不合法的，因为公司未按照约定时间支付工资。

二、可能存在的特殊合法情形

尽管一般情况下员工请假停发工资是不合法的，但也存在一些特殊情况，使得停发工资具有一定的合理性或合法性：

1. 依法协商变更工资支付日期：

   • 用人单位因不可抗力等特殊困难确实无法按时支付工资时，可与本单位工会或职工代表协商一致，暂时延期支付工资。但这种协商变更必须遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则，并确保劳动者的基本生活不受影响。

2. 请假影响工资核算的复杂性：

   • 若员工请假涉及复杂的工资核算，如长期病假导致的病假工资计算，或请假期间涉及绩效、奖金等需要综合评定的项目。在这种情况下，用人单位可与劳动者沟通说明情况，并在合理且必要的时间内完成工资核算和发放。但这种推迟仍应尽快处理并支付，以避免对劳动者造成不必要的经济压力。

三、劳动者权益保障

当用人单位未按约定支付工资时，劳动者有权要求用人单位及时支付。若用人单位拒绝支付，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：

1. 向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉，请求其对用人单位的违法行为进行调查和处理。
2. 申请劳动仲裁：劳动者还可以选择向劳动仲裁机构提起仲裁申请，通过仲裁程序解决工资争议。
3. 提起诉讼：在特定情况下，如仲裁裁决不满或未得到执行，劳动者还可以依法向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

四、实际操作建议

为避免因工资支付问题引发的法律纠纷，建议用人单位和劳动者：

• 严格遵守劳动合同中关于工资支付的约定，确保按时足额支付工资。
• 如遇特殊情况需推迟支付，应及时与劳动者沟通并说明理由，尽量寻求协商一致。
• 对于复杂的工资核算情况，应建立透明、公正的核算机制，确保劳动者的合法权益得到保障。

综上所述，员工请假停发工资在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能存在合法性。因此，在实际操作中，用人单位和劳动者应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。