在劳动合同签订后又签了三方劳务派遣协议的情况下，如发生纠纷，具体以哪个协议为准，需根据纠纷的具体内容和协议的约定来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
协议内容与纠纷类型的匹配性：
- 如果纠纷主要涉及劳动合同中约定的内容，如工资、工作时间、福利待遇等，且这些内容在三方劳务派遣协议中并未进行实质性变更或补充，那么通常应以劳动合同为准。因为劳动合同是劳动者与用人单位之间建立劳动关系的直接依据，它规定了双方的基本权利和义务。
- 如果纠纷涉及劳务派遣过程中的特定问题，如派遣岗位、派遣期限、派遣费用等，且这些问题在三方劳务派遣协议中有明确约定，那么应以三方劳务派遣协议为准。因为三方劳务派遣协议是规范劳务派遣关系的重要文件，它明确了派遣单位、用工单位和劳动者之间的权利和义务。
协议的签订顺序与效力：
- 劳动合同的签订是劳动者与用人单位建立劳动关系的基础，它具有较高的法律效力。而三方劳务派遣协议是在劳动合同的基础上，由派遣单位、用工单位和劳动者三方共同签订的，用于规范劳务派遣关系的协议。
- 在协议效力上，如果三方劳务派遣协议的内容与劳动合同不冲突，且双方均同意按照三方劳务派遣协议执行，那么三方劳务派遣协议可以视为对劳动合同的补充或变更。但如果三方劳务派遣协议的内容与劳动合同存在冲突，且没有明确的约定表明以哪个协议为准，那么通常需要根据具体情况和法律规定来判断哪个协议具有优先效力。
法律原则与规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间建立劳动关系的法律文件，具有法律效力。同时，劳务派遣作为一种特殊的用工方式，也受到相关法律法规的规范和调整。
- 在处理劳务派遣纠纷时，应遵循公平、公正、合法的原则，保护劳动者的合法权益。如果三方劳务派遣协议的内容违反了法律法规的强制性规定或损害了劳动者的合法权益，那么该协议的部分或全部内容可能被视为无效。
法律建议：
- 在签订劳动合同和三方劳务派遣协议时，建议劳动者仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。如果对协议内容有疑问或不确定的地方，应及时向专业律师咨询。
- 在发生纠纷时，劳动者应首先尝试与派遣单位和用工单位进行协商解决。如果协商无果，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。必要时，还可以向人民法院提起诉讼。
可能后果：
- 如果纠纷处理不当或未能及时解决，可能会导致劳动者的权益受到损害，如工资拖欠、福利待遇降低等。同时，也可能影响劳动者的职业发展和心理健康。
因此，在处理劳动合同与三方劳务派遣协议之间的纠纷时，应综合考虑协议内容、签订顺序、法律原则与规定等因素，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。