在发生劳动纠纷时，既不能单纯以劳动合同为主，也不能单纯以第三方派遣合同为主，而是要根据纠纷的具体内容，结合两份合同的相关条款以及相关法律法规来综合判断和处理。以下从几个常见纠纷类型为你详细分析：
工资及福利待遇纠纷
- 情况分析：如果纠纷是关于工资支付、加班费、福利待遇等方面，首先要查看劳动合同中关于这些方面的约定。因为劳动合同是劳动者与用人单位（实际用工单位或派遣单位，需看具体约定指向）之间关于劳动报酬等核心权益的直接约定。例如，劳动合同中明确约定了工资构成、支付时间、加班费计算方式等，那么在发生此类纠纷时，劳动合同就是重要的依据。
- 特殊情形：然而，如果派遣单位与实际用工单位在派遣合同中对劳动者的工资支付等有特殊约定，且这种约定不违反法律法规的强制性规定，同时劳动者也知晓并同意该约定（比如通过某种方式告知劳动者并得到其认可），那么在处理纠纷时也需要考虑派遣合同的约定。比如派遣合同约定由实际用工单位承担加班费，而劳动合同未明确，实际用工单位也确实存在让劳动者加班未支付加班费的情况，此时实际用工单位应按照派遣合同约定支付加班费。
工伤认定及赔偿纠纷
- 一般原则：对于工伤认定，主要依据的是相关工伤保险法律法规以及劳动合同中的相关约定（如果有涉及工伤申报、处理流程等方面的约定）。一旦被认定为工伤，赔偿方面则要根据劳动合同中关于工伤保险待遇的约定以及国家规定的工伤保险赔偿标准来确定。例如，劳动合同中约定了工伤发生后用人单位应承担的额外补助等，用人单位就需要按照约定履行。
- 派遣合同影响：派遣合同在此类纠纷中也有一定作用。如果派遣合同中明确约定了工伤事故的责任承担主体，比如约定由派遣单位负责工伤申报及赔偿相关事宜，那么在发生工伤纠纷时，派遣单位需要按照约定承担相应责任。但如果派遣单位和实际用工单位在派遣合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，损害了劳动者的合法权益，这种约定是无效的，仍要按照法律规定来处理工伤赔偿问题。
解除劳动合同纠纷
- 依据劳动合同：当涉及解除劳动合同的纠纷时，劳动合同中关于解除合同的条件、程序、经济补偿等方面的约定是关键。比如劳动合同约定了劳动者严重违反用人单位规章制度时用人单位可以解除合同且无需支付经济补偿，那么在劳动者出现符合该约定情形时，用人单位可以依据劳动合同解除合同。
- 派遣合同补充：派遣合同可能会对派遣劳动者的解除合同有特殊规定。例如，派遣合同约定在特定情况下派遣单位可以提前将劳动者撤回，这可能涉及到与实际用工单位解除用工关系以及与劳动者解除劳动合同的问题。此时需要综合考虑两份合同的约定以及相关法律法规，判断解除合同的合法性和合理性。如果派遣单位或实际用工单位单方面解除合同不符合两份合同约定及相关法律规定，可能要承担相应的法律责任，如支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
在处理劳动纠纷时，建议你采取以下步骤：
- 仔细研读劳动合同和第三方派遣合同，梳理出与纠纷相关的条款内容。
- 收集与纠纷有关的证据，如工资条、考勤记录、工作证、工伤认定决定书等。
- 根据纠纷类型，对照相关法律法规，分析两份合同条款的合法性和有效性。
- 如果对纠纷的处理没有把握，可以进一步向我咨询，我会结合具体情况为你提供专业的法律建议和解决方案。