关于人民调解协议双方申请司法确认时，在协议上哪个格式里写的问题，核心结论是：人民调解协议本身并不直接包含“申请司法确认”的特定格式条款，但双方可以在协议中明确约定共同申请司法确认的意思表示，并在达成协议后，按照法定程序向法院提交申请。以下从几个方面详细说明：

1. 人民调解协议的基本内容：

   • 人民调解协议是双方当事人在人民调解委员会的主持下，就争议事项达成的书面协议。它通常包含双方当事人的基本信息、争议事项、调解结果、履行方式和期限等关键内容。
   • 协议本身并不要求必须包含“申请司法确认”的条款，但双方可以在协议中增加相关约定，以明确双方共同申请司法确认的意愿。

2. 申请司法确认的约定方式：

   • 双方可以在人民调解协议中增加一条，明确表述“双方同意就本调解协议向人民法院申请司法确认”或类似意思的条款。
   • 这样的约定有助于明确双方的权利义务，为后续申请司法确认提供明确的依据。

3. 申请司法确认的流程：

   • 双方在达成人民调解协议后，如果希望该协议具有更强的法律执行力，可以共同向有管辖权的人民法院申请司法确认。
   • 申请时，需要提交人民调解协议、双方当事人的身份证明、申请书等材料。
   • 法院在受理申请后，会对调解协议进行审查，如果认为协议内容合法有效，且不违反社会公共利益，会出具民事裁定书，确认调解协议的效力。

4. 注意事项：

   • 双方在申请司法确认前，应确保人民调解协议的内容真实、合法、有效，且双方均自愿履行。
   • 如果一方反悔或拒绝履行调解协议，另一方可以依据已经司法确认的调解协议向法院申请强制执行。
   • 申请司法确认是免费的，且程序相对简便，有助于快速解决争议，降低诉讼成本。

建议：在实际操作中，如果双方希望就人民调解协议申请司法确认，可以在协议中明确约定相关条款，并在达成协议后及时向法院提交申请。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和指导。