中标代理费的承担主体通常依据招标文件约定或相关法律法规来确定，一般由招标人支付，但在特定情况下可根据三方合法约定由中标人支付。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》：
- 该法确立了招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则，虽然未明确规定招标代理费由谁支付，但为招标代理服务费用的支付安排提供了法律框架。即应在符合法律规定和市场规则的前提下，由招标人和中标人通过约定来确定。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：
- 最初规定招标代理服务费用应由招标人支付，但后续文件修改为“招标代理服务费用应由招标人支付，招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，从其约定。”这一修改明确为招标代理费由中标人支付提供了政策依据。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：
- 规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应当包含代理费用，进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性。
《民法典》中关于第三人代为履行的规定：
- 规定了“第三人代为履行制度”，即当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。这为招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付提供了法律依据。
二、招标文件与合同约定
招标文件规定：
- 招标人在编制招标文件时，应明确规定招标代理费的支付方式、金额及时间等关键条款。如果规定由中标人支付，那么中标人在参与投标时就应知晓并接受这一条件。一旦中标，中标人有义务按照招标文件的规定支付招标代理费。
委托代理合同约定：
- 招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，可能会约定由中标人支付招标代理费。这种约定是双方真实意思的表示，只要不违反法律法规的强制性规定，对各方当事人都具有约束力。
三、实际操作中的注意事项
履行期限：
- 中标人支付的招标代理费履行期限应当在招标人与中标人签订书面合同后。若招标文件要求支付的时间点在签订书面合同前，甚至在发出中标通知书前要求支付，这是不合法的。
收费标准：
- 招标代理服务收费实行市场调节价，双方应参考相关标准，并以实际服务的内容、质量要求、市场供需和物价变化为定价基础，结合招标项目规模、工程等级、技术难易程度以及服务深度等确定代理服务费额度。
明确约定：
- 无论招标文件还是委托代理合同，关于招标代理费的支付约定都应尽可能明确、具体，以避免后续产生纠纷。
四、可能产生的法律后果
若约定由中标人支付但未明确约定：
- 如果招标文件或委托代理合同中未明确约定由中标人支付招标代理费，而招标人或招标代理机构事后要求中标人支付，中标人有权拒绝，并可能因此引发纠纷。
若约定违法或显失公平：
- 如果关于招标代理费的支付约定违反了法律法规的强制性规定，或者显失公平（如费用过高或过低），该约定可能被认定为无效或可撤销，从而引发法律纠纷。
建议：在实际操作中，招标人、招标代理机构和中标人应严格遵守相关法律法规的规定，合理确定招标代理费的支付方式和金额，并在招标文件和委托代理合同中明确约定相关条款。如有任何疑问或争议，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。