公交公司内部处罚制度的合法性需结合具体情境判断，若符合法定条件且程序正当则合法，否则可能违法。以下是对此问题的详细分析：
一、处罚制度合法的情形
基于合同约定与规章制度：
- 公交公司与员工在劳动合同或相关规章制度中明确约定了处罚事项及条件，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么处罚制度在合同约定的范围内是合法的。例如，合同中可能规定因员工违反交通规则、服务态度恶劣等行为而给予相应的处罚。
基于法定事由：
- 根据《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》及相关法规，用人单位在某些法定情形下可以对员工进行处罚，如员工严重违反用人单位的规章制度、给用人单位造成重大损害等。若公交公司的处罚行为属于这些法定事由之一，且符合相关法律法规的规定，则其处罚制度是合法的。
程序正当性：
- 处罚制度的制定和实施应遵循一定的程序要求，如经过民主程序讨论通过、向员工公示等。如果公交公司在制定处罚制度时遵循了这些程序要求，且员工对处罚制度有明确的了解，那么处罚制度在程序上也是合法的。
二、处罚制度可能违法的情形
违反法律法规的强制性规定：
- 如果公交公司的处罚制度违反了法律法规的强制性规定，如克扣或无故拖欠劳动者工资、低于当地最低工资标准支付劳动者工资、以罚款等名义非法收取财物等，则该处罚制度是违法的。
缺乏合理依据：
- 如果公交公司的处罚行为没有合理的依据或理由，或者处罚措施与员工的过错程度不成比例，那么这种处罚行为可能是不合理的，甚至可能构成违法。例如，对轻微违规行为给予过于严厉的处罚。
程序不合法：
- 如果公交公司在制定或实施处罚制度时没有遵循法定的程序要求，如未经过民主程序讨论通过、未向员工公示等，那么该处罚制度在程序上可能是不合法的。
三、员工应对建议
了解公司制度：
- 员工应仔细阅读并了解公司的处罚制度，确保自己清楚哪些行为可能受到处罚以及处罚的具体措施。
沟通与协商：
- 如果员工认为公司的处罚制度不合理或存在违法情形，可以与公司进行沟通，表达自己的看法和感受，并提供改进建议。工会作为员工代表，也可以与公司管理层协商，争取更合理的制度。
法律途径：
- 若沟通无果，且处罚制度明显违反劳动法律法规，员工可以向当地劳动监察部门投诉，寻求法律援助和保护。在必要时，员工还可以考虑通过法律诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，公交公司内部处罚制度的合法性取决于多个因素，包括是否基于合同约定、是否符合法定事由、程序是否正当等。员工在面对处罚制度时，应了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。