公司管理制度进行处罚是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：
处罚依据合法性：
- 公司管理制度作为处罚的依据，必须首先符合国家法律法规的规定。如果管理制度中的处罚条款与法律法规相抵触，那么这些条款就是无效的，公司依据这些无效条款进行的处罚自然也是不合法的。
- 例如，如果公司管理制度中规定了对员工进行罚款的条款，但根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司并无权对员工进行罚款（除非特定情况下，如员工因故意或重大过失给公司造成损失，且公司规章制度中有明确规定并经过民主程序制定且公示），那么这样的处罚就是不合法的。
处罚程序合法性：
- 即使公司管理制度中的处罚条款本身合法，公司在实施处罚时也必须遵循合法的程序。这包括但不限于：确保员工知晓并理解相关管理制度、给予员工陈述和申辩的机会、按照规定的程序进行调查和取证、确保处罚决定的公正性和合理性等。
- 如果公司在实施处罚时违反了法定程序，如未告知员工处罚理由、未给予员工陈述和申辩的机会等，那么这样的处罚也是不合法的。
处罚内容合理性：
- 处罚内容应当与员工的违规行为相适应，不得过分严厉或显失公平。如果公司对员工的处罚明显过重，与员工的违规行为不成比例，那么这样的处罚可能被视为不合法或不合理。
- 例如，员工因轻微迟到而被公司给予开除的处罚，这样的处罚显然过重，可能被视为不合法。
民主程序与公示：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司管理制度未经民主程序制定或未公示，那么这些制度可能无法作为处罚的依据，公司依据这些制度进行的处罚也可能被视为不合法。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司依据管理制度进行的处罚不合法或不合理，可以首先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在制定和实施管理制度时，应当确保制度的合法性、合理性和公正性，遵循法定程序，并充分保障员工的合法权益。同时，公司也应当加强对员工的培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识，减少违规行为的发生。
后续思考：
- 在实际操作中，公司管理制度的合法性和合理性往往受到多种因素的影响，包括法律法规的更新、公司实际情况的变化等。因此，公司需要定期对管理制度进行审查和更新，确保其始终符合法律法规的要求和公司的实际情况。
- 员工也应当积极关注公司管理制度的变化和更新，了解自己的权利和义务，以便在必要时维护自己的合法权益。
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