公司制度条款处罚员工是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、罚款的合法性基础与条件
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位在特定情形下可以代扣劳动者工资，但这主要是基于劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时的赔偿费用，而非随意罚款。罚款作为一种行政处罚手段，其设定权通常属于法律、法规和规章，企业规章制度无权擅自设立罚款项目。
合法条件：
- 明确约定：劳动合同或集体合同中应明确约定罚款的相关条款，且该条款不得违反法律法规的强制性规定。
- 合理限度：罚款金额应与员工的过错程度、造成的损失大小等因素相适应，避免畸高畸低。
- 程序正当：罚款决定应遵循一定的程序，如调查取证、听取员工陈述申辩等，确保处罚的公正性和透明度。
二、罚款违法的情形
缺乏法律依据：
- 若企业规章制度中未明确规定罚款事项，或罚款依据与法律法规相抵触，则罚款行为可能构成违法。
程序不当：
- 未经法定程序即对员工进行罚款，如未进行调查取证、未告知员工处罚事由及依据、未给予员工陈述申辩机会等，均属违法行为。
滥用罚款权：
- 企业将罚款作为管理手段滥用，如动辄罚款、罚款金额过高、以罚代管等，不仅损害员工权益，还可能触犯法律。
侵犯员工财产权：
- 罚款实质上是对员工财产的剥夺，若罚款无合法依据或程序不当，将构成对员工财产权的侵犯。
三、罚款合法的情形
符合法律法规：
- 当员工的行为确实违反了法律法规或企业规章制度，且该规章制度已向员工公示并经过民主程序制定时，企业有权按照规定的程序和标准对员工进行罚款。
基于实际损失：
- 若员工因故意或重大过失给企业造成经济损失，企业可要求员工承担部分或全部赔偿责任，此时从工资中扣除相应款项作为赔偿是合法的，但需注意扣除金额的限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
四、建议与注意事项
完善规章制度：
- 企业应依法制定和完善规章制度，明确罚款的情形、标准和程序，并确保规章制度不违反法律法规的强制性规定。
加强沟通与培训：
- 通过培训和沟通让员工了解企业的规章制度和罚款政策，增强员工的合规意识。
注重程序正义：
- 在实施罚款前应进行充分的调查和取证工作，并给予员工陈述申辩的机会，确保处罚决定的公正性和合理性。
寻求专业法律支持：
- 在处理复杂的罚款问题时，企业可以寻求专业法律支持，以确保处理方式的合法性和有效性。作为专业律师，我可以为企业提供这方面的法律咨询和帮助。
综上所述，公司制度条款处罚员工是否违法，取决于罚款的合法性基础、程序是否正当以及是否侵犯了员工的合法权益。企业在制定和执行罚款制度时，应严格遵守相关法律法规，确保罚款的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。