结论：女方作为非公司股东，在离婚案件中能否向法院申请调查令调查公司流水，需视具体情况而定，但通常面临较大难度。以下从多个角度进行详细分析：
一、申请调查令的法律依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。这为申请调查令提供了法律基础。
申请条件：
- 申请调查令通常需要满足一定的条件，如证据与案件事实相关、申请人无法自行获取该证据等。在离婚案件中，若女方认为公司流水与夫妻共同财产分割有关，且无法自行获取，理论上可以向法院提出申请。
二、非股东身份对申请调查令的影响
股东权利与非股东限制：
- 作为公司股东，通常有权查阅公司账簿等财务资料。但女方并非公司股东，因此不直接享有这一权利。
- 非股东在申请调查公司流水时，需要证明该流水与离婚案件中的财产分割具有直接关联性，且自己无法通过其他途径获取。
法院审查的严格性：
- 法院在审查非股东申请调查公司流水的请求时，会更为严格。法院会考虑申请的必要性、合理性以及是否侵犯公司或其他股东的合法权益。
三、实际操作中的难点与建议
难点：
- 证明关联性：女方需要证明公司流水与夫妻共同财产之间的直接关联，这可能涉及复杂的财务分析和法律论证。
- 获取途径限制：非股东通常无法直接获取公司流水，需要通过法院调查令等法律程序，而这一过程可能耗时较长且结果不确定。
- 公司配合度：即使法院批准了调查令，公司也可能以各种理由拒绝配合，如涉及商业秘密等。
建议：
- 收集初步证据：在申请调查令前，女方应尽可能收集与公司流水相关的初步证据，如银行转账记录、合同等，以证明其与公司流水的关联性。
- 咨询专业律师：由于涉及复杂的法律程序和财务分析，建议女方咨询专业律师，以制定合适的策略并准备充分的申请材料。
- 考虑其他途径：如果申请调查令难度较大，女方可以考虑通过协商、调解等其他途径解决财产分割问题。
四、特殊情况下的考虑
- 如果公司是夫妻共同经营或女方有间接参与：在这种情况下，女方可能更容易证明公司流水与夫妻共同财产之间的关联性，从而增加申请调查令的成功率。
- 如果涉及隐藏、转移财产等违法行为：如果女方有证据表明对方存在隐藏、转移夫妻共同财产等违法行为，法院可能更倾向于批准调查令以查明事实。
总结与进一步行动建议：女方作为非公司股东，在离婚案件中申请调查公司流水面临较大难度。但通过收集初步证据、咨询专业律师并考虑特殊情况下的因素，女方仍有可能成功申请调查令。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。