结论：在民间借贷纠纷中，申请调查令调查被告公司流水是可行的，但需满足一定条件并遵循法定程序。

具体分析：

1. 法律依据与可行性：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，人民法院应当调查收集。在民间借贷纠纷中，若被告公司的银行流水与案件事实（如借款是否实际支付、还款情况等）具有关联性，且该证据属于当事人因客观原因无法自行获取的，法院可以依申请或依职权调查收集。
   • 调查令是法院授权律师或当事人委托的代理人向有关单位或个人调查收集证据的法律文书。在符合法定条件的情况下，法院可以签发调查令，允许申请人调查被告公司的银行流水。

2. 申请条件与程序：

   • 申请主体：通常由原告或其委托诉讼代理人（如律师）向法院提出申请。
   • 申请条件：需证明被告公司的银行流水与案件事实具有关联性，且申请人因客观原因无法自行获取该证据。例如，申请人可能无法直接通过银行渠道获取被告公司的流水记录，或银行拒绝向非账户持有人提供此类信息。
   • 申请程序：申请人需向法院提交书面申请，说明调查令的申请理由、调查对象、调查内容等，并附上相关证据材料。法院在审查后，认为符合法定条件的，将签发调查令。

3. 注意事项：

   • 证据关联性：申请人需确保所申请调查的被告公司流水与案件事实具有直接关联性，否则法院可能不予批准。
   • 合法合规：在调查过程中，申请人需严格遵守法律法规，不得侵犯他人合法权益或泄露国家秘密、商业秘密等敏感信息。
   • 及时提交：申请人应在法院规定的期限内提交调查令及调查结果，以便法院及时审理案件。

建议：

• 在申请调查令前，建议申请人先通过其他途径（如与被告协商、向第三方机构查询等）尝试获取相关证据，以减少申请调查令的必要性和成本。
• 若决定申请调查令，建议申请人提前准备好充分的申请材料和理由，以提高申请的成功率。
• 在调查过程中，申请人应密切关注调查进展，并及时与法院沟通，确保调查工作的顺利进行。

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